军事上设立军机处，负责镇东大将军府麾下三军事宜，设军机大臣若干，负责制定战斗方略，招募兵马，打造军械，筹措粮草等。
另外还设有暗部，负责情报工作。
戒律司，负责监察官员，惩治官员违法乱纪，设立戒律大夫职位。左仆射房玄龄
右仆射李善长。
吏部长史管元纬。
户部长史祖士远。
礼部长史娄敏中。
兵部长史金翅大鹏伍云召。
刑部长史房玄龄兼任。
农部长史管元纬兼任。
工部长史班大师。
军机处大臣，刘伯温，吕将，徐达，薛仁贵，郑成功。
暗部指挥使李元芳。
戒律司指挥使李元芳兼任。
镇东大将军府的框架暂时搭建起来，其中很多人都是身兼多职，也让晁天感叹自己麾下人才不足。
不仅仅是高端人才，就是州郡太守，也是极为缺少，不少人都是军队之中负伤不能上战场，这才安排到了各地担任知府，太守，通判，县令。
随着镇东大将军府成立，各个部门也开始发挥出应有的作用，晁天期间稍微指导了一下，后世政府工作方式略知皮毛，可也足够指导他们的了。
安排好了政务。
接下来晁天真正的重心便放在了晁家军，也就是现在镇东军的改编上来。
除了远在高丽半岛的黑龙军团和郑成功水军的蛟龙军团，其他的军马都要整编。
以薛仁贵的青龙军团为基础，进行扩编。
青龙军团整编兵马十万人，其中马军三万，步军七万。
薛仁贵担任统帅，恨天无把邬文雄，恨地无环邬文化，杨腾蛟，栾廷玉，栾廷芳，赤发鬼刘唐为副将。
负责沂州，徐州，淮阳军防卫。
黄龙军团整编兵马十万人，其中马军四万，步军六万。
豹子头林冲担任统帅，李元霸，范成龙，真祥麟，花和尚鲁智深，包天相，行者武松为副将。
负责应天府，兴仁府，单州防卫。
赤龙军团整编兵马十万人，其中马军五万，步军五万。
神枪将高宠为统帅，窦仙童，入地金刚窦一虎，老将军赵充国，刘振南，高顺，黑脸太岁牛皋为副将。
负责青州，密州，郓州等地防卫。
金龙军团整编兵马十万人，其中骑兵两万，步军八万。
金翅大鹏伍云召担任统帅，赤发灵官单雄信，老将军拓拔忠义，拓拔武，飞龙将刘赟，九纹龙史进为副将。
负责登州，莱州守备。
晁天直属虎贲军团，晁天亲自统帅，下属飞虎将军李存孝的飞虎铁骑，万人敌常遇春的背嵬铁骑，紫面天王雄阔海的虎卫军，以及巨灵神拓拔笮的一万贵霜铁骑。
常遇春虽然还没有投奔过来，可是系统奖励，已经被晁天提前预定。
另外贵霜骑兵总共有五万人马，其中四万，呗晁天分派到其他军团之中。
贵霜骑兵的剩余一万精锐，组成贵霜铁骑，依旧由拓拔笮统领。