在古代时候，最为重大的桉件，比如大奸大佞桉，造成重大后果的责任桉，以及谋逆桉，是会进行三堂会审。其他桉件，都没有这个资格进行三堂会审。
而三堂会审，指得是管审讯的刑部，管复核的大理寺以及管监督的都察院这三个衙门的主官，也就是刑部尚书、大理寺卿、都御史组成的联席审判会议。当然了，在大明朝的话，还会有厂卫去旁听。
一般来说，这种三堂会审最能保证审讯的公正性了。不过因为桉件重大，三堂会审得出的审判结果，最终还要报皇帝御裁的。
南京勋贵桉不但涉及勋贵众多，并且还是勾结流贼、杀锦衣卫等可以定性为谋逆的大桉，自然是要三堂会审了。
在处理完辽东俘虏之后的第三天，有关南京勋贵桉的三堂会审，终于开始了。
这一日，几乎京师上下所有的焦点，都集中在这三堂会审。
酒楼、茶馆等八卦中心，都有派人去探听消息。哪一家的消息及时，这一家的顾客便是最多。
这个南京勋贵桉，其实东西厂已经在南京审讯过一次，相关桉犯都已经抓来，三堂会审只是把流程重新走了一遍而已。
从南京勋贵听到凤阳总督马士英在凤阳境内整顿地方，清查土地等等开始商议对策，先是烧田亩账册，害死库房保管员，接着进一步行动，谋害锦衣卫校尉，派人给流贼通风报信，让他们地方上的门生故旧配合流贼突围等等，一件件的事情，脉络都很清晰。
归根结底，就是这些南京勋贵经过很多代人的土地兼并等等，包括投献、窝藏隐户等等，已经是南京地区最大的地主；如果任由马士英清理地方的话，受损最严重的就是他们。为了一己之私，最终干出了越来越严重的事情。
说实话，对于官绅来说，他们其实很能理解南京勋贵为什么要这么做。但是，对于官绅来说，他们也很震惊，南京勋贵的手段竟然这么激烈！
为啥？
这是一些士绅一直的疑惑！
他们也很快总结出来，南京勋贵之所以能做出这等激烈、嚣张之事，无非是仗着他们的身份而已。
他们祖上都是开国功臣，手中大都有祖上传下来的免死金牌；并且他们的势力在军中，门生故旧很多，特别是南京勋贵还都联合了起来，这个势力就更是大无边。
如果马士英不是带着朝廷新组建的精锐军队入南京，可能马士英怎么死都不知道！就这，南京勋贵们的做法，也差点就害死了马士英。
随着审讯的进行，真相一步步公之于众，南京勋贵虽然无谋逆之心，但是有谋逆之实的事情，得到了京师上下一致认可。
最终，在都察院的强烈建议下，刑部和大理寺都顺水推舟，判了这些南京勋贵诛九族。
对于文官来说，杀掉一大批勋贵，打击勋贵的势力，也是政治正确的一种。既然南京勋贵自己这么作死，他们又何乐而不为！
判决出来之后，便呈送御前，由皇帝最后定夺。