如此一个改革行政区划设制，改变大明以往''皇权不下乡''传统，改变官吏区别，改变科举制度的方案实际上还牵涉一个问题是卫所。
卫所类似军屯却又不完全是，在朱元璋设计时确实是十分理想，因为在朱元璋设想中卫所乃是平时种地农闲练兵，生产的粮食足够这些农兵平日生活与训练。
但他设想的卫所制一来官兵都是父子相传的，因而当官愈来愈富有再加又有权，比地主于佃户的权力还大，佃户还可以不干了外，还有勤劳致富经商致富的可能性，就算是当流民也是自由一些。
可卫所制代代相传就限定了身份，在编制内根本不可能换个百户换个总旗换个小旗的。土地又渐渐为各级军官占去，卫所兵们就如自耕农沦落成佃户却无法换个主家，干其它也不允许，逃跑的罪也是杀了也无人管的。
这样状态下的卫所制卫所兵虽然比农民还有兵的编制与一些训练，但士兵们体质还不一定比农民强多少。兵器也承平日久腐朽与保管不善加贪污盗卖下不可能齐全精良，整个卫所兵也就是比刚拉起来的义军好一点。
但这样的卫所朝廷也是付出了不少代价的，虽然一开始这卫所还能上交粮食，可是人口在增加，这与官兵固化一样对卫所制的伤害非小，而且是不仅无法向上交粮而是他们种的粮食早已不够吃了，需要给予一部分粮食才能维持军队的架子。
对此穿越众的办法是彻底废除卫所制，因为卫所制下大明虽然有一百多万军队，可这个军队实在是不可能当正规军用的，还不如将他们遣散了复归农民交的税养活的军队人数少一些却有用。
还有这些军籍与匠籍、乐籍等制度也是太落后了，将人限制太深，这时逃籍的人也太多了。卫所制又对行政区划改革不利，从这些方面看还不如将卫所改变为县级的守备队，府级的保安营，省级的独立师之类的治安剿匪军队为好，其他人放归为民才能更好齐民编户。
只是滋事重大又复杂，穿越众虽弄出了个方案仍然找内阁中孙承宗等人及卢象升等人商议。主要是卫所制大家都知道它已经不行了，可是如何处理还是有些分歧的。
有主张修修补补或重新整顿的，也有主张彻底解决的，基本上还是前者为多，原因是卫所兵多少还有点用，一刀切又不大好下手。
不好下手主要是那些军官怎么办，一个卫所五千多人却是有近千军官的，那是因为十个人的班长级小旗也是军官，管百人的一个百户后世连长级军官这时乃是正六品官员，这军官也是太虚高了，不文贵武贱总不可能七品知县见到百户恭恭敬敬称大人吧？
军官不好办外，还有卫所的土地当初都是公有的，与职地一样都是只有使用权的。可这时卫所的土地有被军官们占据的，有被地方豪强侵占的，也有个不少是因缺水荒废了。
这时废除卫所制只是一句话，但如此状态如何遣散他们就是支持遣散的人一样没什么好办法。对此穿越众的办法为厘清土地归属，如军官占据的退出来，地方豪强霸占的拿回来不算还要罚，荒废的想办法复耕，然后将土地的所有权分下去，不够就补钱或移民。
如此办法必然要清算陈账，把原来属于卫所的土地都拿回来，不然妥善安置卫所的人就是一句空话，或者朝廷拿出大量银子才行。
可这个量真不少，仅北直隶二十多个卫十万多人每个人十两银子也要一百多万外，这十两银子还根本不够。只要将土地拿回来当初人均三十亩这时有二十亩也值六十两银子以上了，所以还是拿回土地为第一要紧。