红色魔女之森：冒险家来到一片森林继续追赶阿斯兰。红色魔女认识凯蒂和比比，但不敢惹阿斯兰，用废话拖了阿斯兰一阵子，使冒险家追上了阿斯兰。卢克给阿斯兰的命令中说的是“放过冒险家”（卢克爷爷是为你好啊），而阿斯兰的理解是“不想让我浪费时间”，于是无奈之下与冒险家切磋一番，不敌于是又开始跑……在森林的尽头，冒险家和阿斯兰遇到了凯蒂，阿斯兰试图干掉凯蒂，不料惨遭反杀……（PS：红色魔女的形象设定与《创新世纪》之前的罗莉安几乎完全一致）
光明之祭坛、黑暗之祭坛：在卡西利亚斯的帮助下，一行人成功解开了卢克的封印。开始进攻寂静城。冒险家、联合调查团、海岸守备队一起干趴了两个祭坛的守卫者。机械王座：封印已被解除，联合调查团和海岸守备队已经破不接待的想把卢克实验室一锅端了。但卢克实验室中布满了浓烈的黑色噩梦，据卡西利亚斯称，只有受到赫尔德庇佑的冒险家能够进入，但赫尔德光是庇佑冒险家一个人就已经非常吃力了。
根据玩家所选阵营不同，接下来的剧情略有不同：暴戾搜捕团线：冒险家见到卢克，巴恩在冒险家与卢克交涉期间，从背后偷袭，杀死了卢克。
通过手上的戒指吸收了卢克的气息（貌似是黑色噩梦？），吉赛尔通过人造异次元裂缝传送过来，捡走了卢克掉的一个东西之后逃走。艾泽拉表示大意了，不知道什么时候巴恩也被施加了庇护。
联合调查团、冒险家协会线：卢克成功找到过去的力量，变身成了之前的状态。冒险家杀死卢克，巴恩通过戒指吸收了卢克气息。
艾泽拉之死：艾泽拉不见了，冒险家受艾丽卡之托寻找艾泽拉，海岚说有个人去了寂静城，自己暂时没空管，于是麻烦冒险家去看一下。冒险家到了之后却发现艾泽拉已经受伤倒地，奄奄一息。身边都是鹰派的暴戾搜捕团团员在咒骂她。
艾泽拉跟冒险家说了遗言，希望冒险家找到并说服索德罗斯，然后就死了TT巴恩决定单独行动，自称要去看老婆，把联合调查团指挥权交给了海德：——你要把直属部下仍在敌营中，自己离开？——什么叫敌营啊，明明是同盟军。要是被天界人听到可怎么办？（帝国你们要搞大新闻啊！）知道巴恩已经丧妻的冒险家立刻指出巴恩说谎。
艾丽婕的委托：艾丽婕通过梅丽召见了冒险家——由于尤尔根封锁了寂静城战事相关情报，所以艾丽婕毫不知情。在听了冒险家的叙述后，指出海岸守备队去寂静城参战并没有经过皇女同意。（引出尤尔根政变与海岸守备队叛变）（从90级的剧情量看，这么多重量级角色上线，可见在腾讯的IP打造计划的淫威下，Nexon对剧情的重视程度也越来越高了，不过不得不服的一点：这些大牌角色的设定是早在8年前就想好的吗？）
天界政变
在完成艾莉婕的委托任务后，回到根特，会发现小地图中根特皇宫区域已经灰掉了，走进去之后会发现皇女已经不再皇宫中了，只留下一个发髻，点击发髻后触发隐藏任务。(剧情触发后，根特相关NPC的聊天内容会根据剧情变化)
马琳神经兮兮的请求冒险家帮忙，让冒险家去找泽丁了解情况。
泽丁告诉冒险家，天界出现了反叛军试图绑架皇女，但所幸未成功。