因为木叶高层和宇智波一族的关系很微妙，在战争结束后，两方势力便开始了暗斗，木叶高层用着九尾入侵的借口，在村里散播谣言，说是宇智波一族的人控制的九尾，造成的奇袭。
虽然大部分的忍者都知道事情是小智做的，但普通村民不知道啊，而且小智也拥有写轮眼，这些村民自然就认为是小智是宇智波一族的叛徒。
随着宇智波一族越来越被村民们排斥，最终，宇智波的族长宇智波富丘，也就是鼬的父亲，终于忍不住了，想要篡位，将火影的位置抢到手。
从小就知道战争的残酷和经历过九尾入侵事件的宇智波鼬，自然不希望再次发生这种大规模的灾难，因此开始当起了双面间谍，在暗部中，一方面给予宇智波一族虚假的情报，另一方面又将宇智波一族的情报交给了木叶。
随同的还有他的挚友宇智波止水，只可惜宇智波止水是在团藏的手下做事，而团藏偏偏又是那种宁可杀错一千，也不可放过一个的人，对于宇智波止水送来的情报，根本不抱有任何信任。
宇智波止水的写轮眼是幻术系的，在三勾玉状态时，就能够控制一些同级的忍者，再加上速度其快的瞬身术，让人对止水的幻术防不胜防，因此有了个瞬身止水的称号。
再一次任务中，宇智波止水开启了万花筒写轮眼，知道这件事情的人，只有宇智波鼬和团藏，在看到止水的万花筒后，团藏终于忍不住了，想起小智控制九尾的那股瞳力，团藏的黑手，伸向了宇智波止水。
在一番战斗下，宇智波止水的左眼在被团藏抢走后，勉强逃了出来，随机将事情告诉给了自己的好友宇智波鼬，在得知了宇智波止水的事情后，宇智波鼬这才了解了宇智波一族和木叶高层之间的严重性。
将仅剩的右眼交给了宇智波鼬后，止水跳河自杀，亲眼看着止水自杀的宇智波鼬，在内心痛苦之下，开启了万花筒写轮眼，也是自宇智波斑去世以来，第四个开启万花筒的人。
宇智波斑是第一个，随后是面具男，再然后是小智，止水，最后就是宇智波鼬。
为了防止木叶高层和宇智波之间的斗争波及村子，宇智波鼬在无奈之下，接受了木叶上层给予的将宇智波一族灭族的任务，其中也提了一个条件，那就是保护好他的弟弟，宇智波佐助的安全，宇智波灭族之后，鼬便加入了晓组织做木叶的卧底。
“宇智波一族的驻地分为ABCD四个区域，角都和飞段负责A区，大蛇丸和宇智波鼬负责B区，鬼鲛和绝负责C区，我和蝎负责D区，至于阿飞自由行动，没问题吧。”
看着宇智波一族驻地的地图，小智将任务分配给了组织成员们，而众人也都是认同的点了点头，反正无论去哪一个区，都是一样的。
“动作要快一点，虽然和木叶的团藏有着交易，但也不能防止对方会临时反叛，这点要尤其注意，团藏这个家伙，为达目的不择手段，大家要小心一点。”
说完后，小智一挥手，众人便四散而去，负责各自的区域，而小智带着蝎，一个月步，来到了木叶的上空，朝着D区飞去。
“怎么回事，这个结界是谁弄得。”