陆衡完全抛弃了汉制的三公制度，这个制度有太多的弊病，而是采取两相内阁制，又分了十二部、三府、和九品分级官员，来处理全国内政。
两相分为左右二相，约等于丞相是内阁之首，内阁设置有七人，两相自动属于内阁成员，其他内阁成员并无其他内政职务担任。
内阁的作用就是把十二部的所有内政，来综合平定是否通过，投票制度超过半数内阁通过，然后再由天子裁决。
就是内阁的作用太大，所以没有具体职务，天子能够罢免内阁成员，不会引起朝堂震动。
十二部则是陆衡根据六部拆分出来的十二个内政部门，分别是旧六部，吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，和新六部医疗部、教育部、财务部、科学部、宗教部、外交部。
重新规定部门职责吏部担任官员任免、考察、升降、勋封、调动等等，三品以上官员升迁需要内阁批示通过，天子确认才可以调动。
户部则是天下人口、良田统计等等，但是只管统筹、丈量田地，不牵扯到赋税钱财，简单说财务部的权限单独拆分成了财务部，实施田、财的分离，可以说陆衡把户部的权柄给分隔了一半。
礼部，是被陆衡削的最大的一个部门，现在只剩下了掌天下礼仪、祭享、皇室日常之政令，原本教育、外交都属于礼部的范围内，现在陆衡把这两个拆分成了单独的部门，权柄小了很多。
基本就掌管节日、皇室入场、丧葬等等，但是新加入了官媒的概念，陆衡准备天子渠道的官方以一份全国报纸交给礼部来管理，所以必须拆分其他权利。
刑部职责变化很大，因为三府的出现刑部职责分隔了大部分，现在的刑部只管理百姓刑事案件，会有类似后世地方法院和二审制度，死刑必须报告刑部报备，由内阁和天子批复才能生效。
兵部、工部，陆衡就没有做过多的权利拆分，新六部都是原本权利的拆分，至于科学部、医疗部、宗教部是陆衡根据现有的情况设立的独立部门。
财务部掌管朝堂经济，更多的就像账房先生负责转出和转入，所有穿越者都会做也是陆衡要做的设立中央银行也会是财务部的重要一环。
科学是第一生产力，这句话任何后世人都知道，那怕这个科学部门永远是烧钱的部门，也要建立起来，陆衡在这点已经受益匪浅，器械方面永远站在前列。
医疗部是一个全新机构，分为人部和兽部，字面上的意思人部治人、兽部治兽，生老病死是人的基本常态，生、老、死没有办法掌控，但是病却有一定能力掌控，医学发达后人类的寿命也会延长，古代基本都不重视这点陆衡绝对不能坐以待毙。
之后医疗部也是个烧钱大户，陆衡会建立各州县的医院制度，大力培养医疗人才，这也是造福百姓的一方面。
同时因为农耕国家的特性，没有机械化的古代，耕牛现在还是重要的种田工具，包括还在打仗战马的重要性不言而喻，牲畜的医疗也属于医疗部的一部分。
宗教部顾名思义管理宗教，这个陆衡都已经摸索了数年，算有一定心得陆衡想要的就是从自己开始，杜绝宗教泛滥的情况，基本打造成后世那种宗教观。
最后的三府是监督百官的镇府机关，早就有了雏形分别是锦衣卫、大理寺和廉政公署，已经实施了多年只要是陆衡治下都已经十分的熟悉。
林林总总就是整个帝国的初级结构，慢慢在摸索中在修改。
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