在北大，本科课程计划主要分为两块：专业课和通选课。一般而言，专业课难度胜过通选课一筹。按照设想，任何一个元培学生读大二、选定自己的专业方向后，之前选修的其他院系的课程都可替代通选课课程，修满学分即可毕业。
对学生来说，诸如此类的规定无异于“自由待遇”外的枷锁：根据兴趣选课，一旦考试成绩不理想，选专业时就会丧失一定的自由。
不少元培“过来人”，亲历了向“不自由”妥协的过程。北大03级元培法学方向学生张琬婷告诉记者，在元培实施的最初几年，绩点并不是一件被看重的事，“02、03级的学生大多数都是按自己的兴趣选课，选难度大的课在当时是一个趋势。”但此后，绩点导向就越来越重。
“绩点”标准的存在仍令学生们选课放不开手脚。
周文杰，2008年考入元培学院，现任北大13级元培学院班主任。他观察到的情况是，学院里凭兴趣广泛选课的学生越来越少，许多新生一入校计划性就很强。比如，大一第一学期，13级的新生选课集中于经济、管理、数学、政经哲等领域，没有学科跨度特别大的选课。
许崇任解释，元培和各个院系的最大不同在于，传统的专业院系可以不假外力地自我发展，而元培则经常需要学校在背后推一把，不断制定适用于元培的各项特殊政策。“教授需要做研究，需要自己的研究生，那就必定要依托专业院系，光靠元培单方面没有能力办到。”
周文杰坦言，元培学院为学生提供的“自由”，从某种意义上说仍是一种“消极的自由”。“学生们要在完全不明白这专业是怎么回事的情况下，冒着风险去选课程，而且还得判断这些课程能否触及专业核心问题。”尤其对新生们而言，心理压力一下子就上来了。
不久前，北大BBS上的一个帖子“火”了。发帖者称，他提出了延长学制的申请，结果被学校教务处驳回，耽误了他的保研计划。
不久前，北大BBS上的一个帖子“火”了。发帖者称，他提出了延长学制的申请，结果被学校教务处驳回，耽误了他的保研计划。
这名学生是元培10级的吕伟聪，在修完数学专业课程后，他希望能进行数学与计算机学科的交叉学习，因此申请延期。按照元培的教学计划，学生享有弹性学制，可于3至6年间完成本科教育。可学校教务不予延期的理由是，这名学生的毕业学分已修满。
经过协调，吕伟聪的申请最终被批准。但此事在元培内部仍引起后续讨论：元培没有摆脱“双轨制”的麻烦，学院的一些教学制度，在学校层面得不到有效的行政保障。
虽然“双轨制”并没有随着时间推移完全消失，但许崇任表示，元培学院是建立在生源多样化基础上的一种有益于本科教育改良的模式。元培的改革，针对高等教育的两大突出问题：学生过早进入专业学习导致知识面偏窄；大多数学生盲目选择专业，学习后出现落差。
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