“毕竟也算是个人才，委员长给他个官当，也就没那么多怨言了···”
蒋介石还为此事特意询问过毛人凤，毛人凤也觉得吴石不是共谍，只不过有点牢骚而已。
赵继统将此事传回了党中央，并建议派人接触吴石，此人桃李遍天下，对以后的局部情报将有很大帮助。李克农随即派吴石的同乡好友吴仲禧，（1937年卢沟桥事变前夕就秘密加入中国共产党）和他的另一位至交何遂，时任国民**立法院军事委员会委员长（西安事变后一直积极帮助共产党）来共同接触吴石。
在他俩的影响下，吴石开始与共产党密切接触。1947年4月，何遂、吴石，还有中共华东局书记刘晓等人在上海锦江饭店会见，吴石正式加入共产党。
此后，吴石也以“白鸽”的茶食店（吴石曾留学日本，喜欢日本茶点无可厚非）为联络站，为我党送来许多重要情报。
后来国民党战事失利，国防部部长白崇禧、参谋总长陈诚主张将国防部尚保存有500箱重要军事机要档案资料直运台湾，吴石却以福州有“进则返京容易，退则转台便捷”为理由，建议暂移福州。国民党当局采纳了他的意见。于是吴石派随从参谋王强等人率领警卫，将500余箱机要档案从南京押送抵达福州，保存在于山戚公祠大殿内。
吴石之所以要将这批机要档案转移到福州，原来他已得悉将出任福州绥靖公署副主任。他打算一旦时机成熟就在福州起义，将这批军事机要悉数献给中国人民解放军。
到正式就任时，国共谈判破裂，国民党当局电促速将存榕档案运台。吴石则以“军运紧，调船难”为借口，一方面以百余箱参考资料、军事图书权充绝密档案，派员率警卫运台;另一方面下达“死命令”，要王强会同原史政局总务组组长聂曦上校，把298箱绝密档案全部转移到位于仓前山的福建省研究院书库匿藏，辗转献给了党中央。
49年7月，吴石由福州经广州辗转到**找到吴仲禧。吴石告诉吴仲禧，福建绥靖公署已经结束，他已被调任国民党国防部参谋次长，要到台湾去。吴仲禧曾请他考虑，到台湾去是否有把握?如果不去，也可就此留下，转赴解放区。
吴石坚决表示，自己的决心已经下得太晚了，为人民做的事太少了，现既然还有机会，个人风险算不了什么。为了避免嫌疑，他将携夫人王碧奎和两个小儿女一同去台湾。留下大儿子韶成，大女儿兰成在大陆。
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