南京国防部成立时，白崇禧任国防部长。陈诚不服，常讲“国防部长有权，参谋总长有能。”结果孟良崮战役被陈毅、粟裕领导的华东野战军打得惨败，"中心开花"的破产，74师的被歼，惹得蒋介石大发雷霆。
他召集几位总统府战略顾问委员会委员询问处理意见。副主任委员白崇禧早就看不惯这个头上有块癞疤的参谋总长“陈小鬼”，趁人之危，要严肃处理。作为同是“太子”一党的赵继统拼命反对，并得到了主任委员何应钦和中将委员王懋功的支持。
也是赵继统以党国正当用人之际，让其戴罪立功为由，提议改任东北行辕主任。一同指挥战斗的陆军总司令顾祝同被撤职查办，第一兵团司令汤恩伯不但撤职还被打的血流满面，陈诚却从山东转到了下辖九省的东北行辕兼任主任。
原东北行辕主任熊式辉免职，调回南京也进入了总统府战略顾问委员会任上将委员（47年2月晋升陆军二级上将）。
内战开始后，陈诚在北平向中外记者宣称，在军事上对付中共，三至五个月便能解决。现在，这位国防部参谋总长兼东北行辕主任下车伊始，又扬言六个月恢复东北局势。
说干就干。他锐意整军，将正规军扩充到十四个军。然后，快刀斩乱麻地整肃党纪军纪，将党政军中那些贪官污吏撤的撤，抓的抓，一时间人心振奋，觉得陈诚有决心，党国有希望。
可惜官场早已腐烂透顶，国民党已从根上朽了！
陈诚责难杜聿明的防御待援方针为被动挨打，确立自己的战略为机动防御，提出“确保北宁路，打通锦承路，维护中长路和保护海口”的战略计划。
9月初，陈诚调集四个师，分三路向热河东部进攻。其中一路暂22师、暂50师各两个团，进至锦西西梨树沟门、新台边门一线。9月14日，8纵首先歼灭暂50师大部，又在杨杖子追歼了暂22师大部。
从锦州出援的49军79师、105师，被诱至杨杖子一线，由8纵实施主要突击。49军军长王铁汉连续组织反冲击，都被打退。陈诚又拼凑49军26师、暂60师主力和暂22师、暂18师各一个团，紧急驰援，被9纵阻于虹螺岘地区。
49军待援无望，多路突围，除百余人跑掉外，全部被歼。8纵、9纵乘机在北宁线上展开大破击，将山海关至锦州间铁路截成数段。秋天伊始，辽西三战三捷，给刚上任的陈诚当头一棒。
1纵、2纵、3纵、4纵、10纵向中长路进击。3纵长途奔袭威远堡门，10月2日，将53军主力116师一举全歼。4纵攻克开原东南八棵树，歼敌一个团。7纵克彰武、法库。然后，几个纵队转向吉林。长春地区，先后围攻吉林，攻克德惠、农安，准备诱敌出援，在运动中歼敌，典型的围点打援战术。敌均不敢出援。