可是孙元良在其回忆录中却厚颜无耻地写道:“我既然在江边找不着船，只好钻隙向东面的山地撤退。我们从栖霞山龙谭车站间跨越铁路，南向进入山区。土族同胞殷情地供给食物，热心地带路，并代我们找船，给了我们不少方便，也添了我们无数伤心!这样，我便带了我的司令部六百多官长兄弟，和一辈子的创痛与耻辱，从龙谭附近渡江，经泰兴、淮阴、徐州、郑州，于1938年3月下旬到了武汉。”
结果72军包括88师群龙无首，在溃退中很多官兵无法渡过长江，在南京城内被日军俘虏，成为日军屠刀下的冤魂。可叹一支精锐的德式虎贲，就这样被葬送了。
此战后廖耀湘等上呈报告要求追查责任，因此被撤职查办，投监拘押四十二天 。
39年1月，以民生航运公司职员身份，取道**游历考察英、法、德、意等欧洲诸国。回国后重返军界，任第二十八集团军副总司令兼二十九军军长。
44年日军发动“一号作战”，国军称豫湘桂会战。此间国军除了在长衡作战中还抵抗了一阵，基本就是一溃千里。日军兵锋甚至直指离陪都重庆近700公里的贵州独山，一时重庆震动。而104联队孤军深入，后援不继;反之国军增援部队已经赶到，并占有制空权。随后日军大肆烧杀抢掠，并破坏了独山附近的所有设施、工厂和军需物资，于44年12月4日黄昏主动后撤。
白崇禧在事后的总结中也承认日军是主动撤退。
12月8日拂晓，孙元良却宣称率“克复”独山，顺便在滇缅路上截留了几十辆商车。以此“功绩”，孙元良获得“青天白日”勋章。
45年5月，日本已经日薄西山，孙元良的29军在局部大反攻的浪潮中，“奋勇”向前，一路克复河池、德胜、宜山(还得而复失了一次)、中渡、永福等地。抗战胜利后，孙元良奉京沪卫戍司令汤恩伯之命出任常镇地区警备司令，后任第三方面军政治部主任。
为扩充力量，孙把周佛海、刘明夏等人所辖伪军残余甚至一部分日军改编成卫戍部队，担当“剿匪”任务。同时借收缴敌伪财产之名，大肆搜刮。
1946年冬，孙元良调任重庆警备司令。任上嗜好跳舞，常与高级妓女出入舞厅。唯禁烟甚力。
其二、贪财好色，抗日战争中，孙元良在国难当头之际，贪财好色，不仅将国防工事费贪入自己的腰包，还令人发指地强行占有了上海学生慰问团的漂亮女学生，其恶劣行径，遭到了其他正直的国民党军官的鄙夷和不齿。
时任第八十八师军械处主任兼南京通讯处主任的葛天回忆道:“1937年10月上旬我到上海，那天正好遇到上海学生代表在四行仓库八十八师师部慰劳，这时孙元良看到一个女学生代表眉清目秀，就以花言巧语要该女生单独在师部多玩一下，企图强奸。这个情况被该师副师长冯圣法知道后，曾前往劝解无效。这时我到师部，冯要我再去一劝。我照冯意对孙劝说后，他竟说:‘英雄总是和美人联系在一起的，自古英雄都喜欢美人，尤其是我们在上海作战有功，做这一点小事没有什么。’”
“在‘八一三’战事发生后，上海人民同全国人民一样，都是满腔热情，以自己的实际行动来拥护抗战。有的直接参加战斗，有的节衣缩食集资慰劳军队，凡是军队需要的物品，应有尽有。孙元良曾派师少将参谋长张柏亭、上校师附张裕良和上海各团体接洽，将一部分慰劳物资变为现金，孙元良就这样从中渔利。还令该师军需主任宋尚鲁(宋希濂的亲兄弟)把上海抢劫来的棉纱等偷运武汉出售，所得的钱交我转其妻吴懿辉。”