在讨论协定草案时，南京代表团对草案提出了四十余条意见，中共方接受了二十余条。例如战犯问题，南京方面是很关心的。毛**在4月8日致李宗仁电中就谈到:“贵方既然同意以八项条件为谈判基础，则根据此八项原则以求具体实现， 自不难获得正确之解决。战犯问题。亦是如此，总以是否有利于中国人民解放事业之推进，是否有利于用和平方法解决问题为标准。”
讨论协定草案时，南京代表团对战犯问题争得很厉害，主张不要将战犯问题写入协定。我方照顾他们的意见，将战犯分为两类，对其中怙恶不悛者，应于从严惩办;而“一切战犯，不问伺人，如能认清是非，翻然悔悟，出于真心实意，确有事实表现，因而有利于中国人民解放事业之推进，有利于用和平方法解决国内问题者，准予取消战犯罪名，给以宽大待遇。”
除战犯外，对于国民党军队官兵及国民党**工作人员，决议修正案也表示了予以宽大处理的精神，其它各项问题也在认真听取南京代表团的意见后，作了适当的解决。
谈判中，中共方代表团还主动向他们保证，若李宗仁**接受和平协定，中国共产党将负责同各****协商，接受他们以及南京**方面若干人参加新的****会议，也参加联合**。
4月14日，周恩来向在北平的部分民主人士报告第一次谈判的经过以及南京代表团对《国内和平协定》草案的意见，并广泛征求民主人士的意见。
沈钧儒、马叙伦、黄炎培、谭平山、彭泽民、蔡廷锴等人先后发了言。他们的意见很集中，认为中共方已作出了不小的让步，《国内和平协定》草案之宽大已出乎意料，在渡江接收国民党反动政权、改编其军队及战犯这些根本问题上，不应该再让步。
****和无党派人士也积极配合做南京代表的工作。和谈开始前，毛**接见李济深、沈钧儒等多人，并将我方的具体方案、文件先与民主人士商量。会议开始后，也将情况向他们通报。
李济深、谭平山、王昆仑、陈此生、陈邵先、朱学范、许宝驹等也多次与南京代表谈话。如4月2日，张治中等六人去见李济深，李向他们说:“孙总理的三民主义与三大政策始终未能实现，而中国共产党的反帝、反封建、反官僚资本主义都做到了。他们与孙总理的主张是一致的。我们做错了，我们要承认。”
张治中等就“中共是否允许其他党派存在”等问题提出询问，李一一作了解释。这些谈话，对南京代表团接受《国内和平协定》修正案，起了积极的促进作用。
李济深还派私人代表朱蕴山、李民欣同刘仲容一起去南京，做李宗仁、白崇禧的工作。最后，中共方接受了南京**代表团二十余条意见后修改过的《国内和平协定》八条二十四款修正案稿向大家宣读，大家均表同意，并认为不需要逐条讨论了。
4月15日，召开第二次正式会议。会上宣布了协定的修正案。周恩来说:“这是定稿了。我们总是尽量求取原则上的同意和实施技术上的合理，以便南京代表团说服南京**，使协定很快签字，从而推动和平事业的进行。”
最后他郑重宣布:“谈判以4月20日为限期，南京**是否愿意签字，须在20日以前表态。”
南京代表团派黄绍豌、屈武于4月16日携《国内和平协定》修正案飞南京请示，希望南京**能接受这一协定。蒋介石阅罢《国内和平协定》拍桌大骂:“文白（张治中将军字文白）无能，丧权辱国!”