4月25日早晨，103师307团1营营长谢宝云带着通信员为部队安排食宿时，不慎误入司徒雷登的住所。正在洗脸的司徒雷登看到两个解放军进去，暴跳如雷，大声叫道：“你们到大使馆干什么？”谢宝云见这个洋人如此粗暴，便愤怒斥责，幸亏教导员王怀晋及时赶来，缓和了事态。
当晚，****播出了“驻南京的中国人民解放军搜查美国大使馆”的“新闻”。毛**知道后，于27日致电三野并告总前委和二野：“35军进入南京纪律严明，外国反映极好，但是侵入司徒的住宅一事做得不好。”
他要求“三野查处此事”。根据毛**的指示，在对部队深入进行外交政策纪律教育的同时，派军管会外事处长黄华与美方进行谈判沟通，很快妥善处理了此事。
4月27日，***、陈毅从安徽合肥的瑶岗村渡江战役总前委赶到总统府。当看到战士的一些不文明行为后，***十分生气，严肃地对部队领导说：“总统府是文物，我们要爱护好。我们可不能做李闯王啊。从现在起，总统府中的全部人马立即撤出，不留一兵一卒。”
4月29日，南京市军事管制委员会主任刘伯承赶到总统府，与***、陈毅一同视察了总统府。为接管南京，还搞了一个班子，中共中央调集了2440余名有丰富城市工作经验和各方面专长的领导干部，参加南京的接管工作。
***、刘伯承、陈毅来到蒋介石的总统办公室，宽大的办公桌斜放在窗口，墙上挂着一幅镶在镜框里的大照片，那是1943年蒋介石就任国民**主席时的戎装照。办公桌上端放着台钟、笔插、毛笔、镇纸等。桌面上还摆放着一套《曾文正全集》。蒋介石对清朝重臣曾国藩一向推崇备至。
此外，还在蒋介石的办公室里发现一对曾国藩的鸡血石章，一对翡翠石章，两串清代的朝珠。目睹这一切，***用浓重的四川口音，诙谐地说：“蒋委员长，我们来了，缉拿我们多年，今天我们上门了，看你还吹什么牛皮。”
刘伯承指着桌上的台历说：“瞧，蒋先生的台历还是23号哩，转移真不慢啊。”
陈毅一屁股坐在蒋介石办公桌前的皮椅上，拨通了一个长途电话，直通毛**在北平香山双清别墅的办公室。陈毅风趣地说：“主席，我是陈毅啊，我这是坐在蒋总统的椅子上向您汇报呢。”
5月1日，中共中央致电人民解放军参加渡江作战各部队：“南京迅获解放，国民党反动统治从此宣告灭亡……现在整个形势对于人民和人民解放军极为有利，尚望前线将士继续进攻……为消灭反革命残余力量，解放全国人民，建立统一的民主的新中国而奋斗。”
南京解放7个月零17天之后，龟缩到浙江奉化县溪口镇老家的蒋介石，决定将家人送往台湾，黯然神伤地对儿子蒋经国说：“把船准备好，我们要走了！”蒋经国后来回忆：“其（蒋介石）精神之抑郁与内心之沉痛，不可言状！”