咸丰七年之后，绿营新军制在大清各省顺畅推行，各省新炼绿营军力，一如天津光武新军旧制，这一方面是因为朝廷旨意全无半点折扣可打，各省畏惧皇威，不敢不为；另外一方面，从光武新军中走出的诸如胡小毛、林文察、朱洪章、鲍超、张运兰、刘铭传等人分散到各地，也起到了相当的作用。
但大清所属，只有一个台湾，游离于朝廷颁布的新军制之外，还是实行以绿营、团练共同组成台湾戍防的主力，其中自然是以绿营为主，后者为辅。他们的任务是稽查奸宄、护送行旅、传递公文、保卫住民。
而团练则是民间招募的武力，类似乡兵组织，多由当地大族或者郊商出面组成，虽然在纪律要求上被讥为乌合之众，但因为可以弥补战时的兵力不足，所以亦相当重要——在康熙末年的朱一贵到乾隆后期的林爽文，再到道光初叶的张丙事件，在这三次较大的民间起义事件中，团练都立功匪浅。
在台湾的戍防中，海防是重中之重，清朝在台湾岛内外设置汛防166处，起到了保卫海疆的作用。而在陆上，情况则要坏得多。绿营的任务其中有一条是缉捕匪类，这是一项很危险的工作。当时被称为贼薮的地方主要集中在笨港附近的白沙墩、秀才庄、下加冬、斗六门、半线一带（都属于台南）。
除了工作压力大，台湾恶劣的水土环境所造就的值勤环境更让士兵弁员惧怕——当时全部台湾都属于瘴乡，不过中毒的症状也有轻重不同。以淡水为分界，南部的情况略轻，虽有嚎跳发狂、寒热不等之苦，但只要勤加休养尚可痊愈；中淡水以北之瘴，则药石罔效，中者不起。
这还不算，绿营军的兵纪愈坏！这是因为从郡治到鸡笼，沿途只有茅港尾和笨港两处公馆可以投宿，入清以来的旧例，文武衙门差遣往来，当地的保长、通事、汛塘要负责打点，久而久之，这些负责接待的人不堪其扰，于是想到开赌场作为供给之资。此时班兵的饷银也充作客头的赌金。国家的正规部曲，摇身一变，成为赌场的金主了。
台湾兵事败坏的另外一个缘故，就是咸丰皇帝对于这里的情况的不闻不问。曾国藩、翁同书、李鸿章三个人分别在军机大臣、两江总督、前后福建巡抚任上上书，请求朝廷派专人到台湾去，认真管束、整理台湾军制，他却一概不准！
一直到咸丰二十年之后，在台湾出了牡丹社事件，他才很不情愿的降旨李鸿章，让从福建造船厂调四艘兵舰，其中还有一艘是在越南海战中受伤的扬波号，交付台湾巡查道拨付澎台防卫之用。
这种情况到了咸丰二十五年，在这一年中，日本在长崎设立了一个名为番地事务局的机构，以参议兼大藏卿大隈重信主持,陆军中将西乡从道为番地都督,陆军少将谷干成,海军少将赤松则良为参军,所谋不轨。
闽浙总督李鸿章上奏云:“臣查台湾番社,散处深山,虽未设立郡县,而推原疆禀,实皆台地幅员。纵该生番穴处猱居,久成荒服,第既为中国抚有之地，即当为圣朝管辖之区,今日本并未商准总理衙门,骤行调将征兵,将人番境,虽云召酋开导,其心实不可测。”
不但是他，连奕也认为,“各国垂涎台湾已久,日本兵政寝强,尤濒海切近之患，早迟正恐不免耳。”
即便是在这样的情况下，皇帝依旧稳如泰山，对臣下的奏折根本不予理睬。这种消极怠工的态度让朝臣又难过，又失望！只当皇帝未过半百，就已经老糊涂了！但秉持着国士待我，国士报之的心思，这种请皇帝加强重视的奏折，依旧如雪片般从沿海各省呈递上来。
到咸丰二十六年的年初，皇帝觉得差不多了，若是再依旧故我下去，不明内情的人们还真的会以为朝廷对台湾放任不管呢！对日后台海用兵，会造成很坏的负面影响。因此，他的态度丕然一变！改消极怠工为积极防御，派李鹤年为分巡台湾道，调福建提督罗炳坤为台湾知府兼任海防南路理藩同知，共同办理台湾岛内兵气疲沓，疏于训练的问题。李鹤年不提，罗炳坤就是当年皇帝第一次驾幸江南，带赛香君和如烟夜游花车，把圣驾堵在车厢中，动弹不得的那个把总。
二十年而下，罗炳坤早已经做到一省提督的高位，但如今大清绿营，比当年更有不同，军官将佐分派林立，各重一方，这些人最看中的就是彼此的出身。