1999年10月19日，巨大陨石突然向地球飞来，落下并直接击中日本涉谷，周围地区因此毁灭，伤亡惨重，称为“涉谷陨石事件”。即使7年后，涉谷仍未复兴，并持续封锁中。只是灾难并未就此结束，一切才刚开始。
陨石落下后，不明宇宙生物拟态成人类活动于城市中，不断杀害人类并繁殖，造成人们的恐慌。为了消灭这些被称为Worm的生物，人类组成了一个秘密组织ZECT。但由于异虫拥有难以肉眼辨认的高速移动能力“ClockUp”，ZECT一再战败。最后的希望只剩下未及完成的武装系统MaskedRiderSystem（假面骑士系统）。如果有能够装备这套系统，并运用自如的人出现，那么ZECT就能得到足够的力量和异虫对抗。
某天，ZECT的实习队员加贺美新，遇见了一个自称“行天之道，总司一切”的奇怪男子。此人名为天道总司。对于他如此桀傲不驯的态度，加贺美感到惊愕而困惑。
异虫再度出没，ZECT队员们被逼入绝境。目睹苦战的同伴，加贺美决心要成为骑士而战。但是，从空中飞来的MaskedRiderSystem核心“KabutoZecter”，却飞到了忽然出现的天道手中。
把从童年时就得到的腰带与KabutoZector联组在一起，天道在一瞬间被独角仙外型的装甲服包住身体，轻而易举的打倒异虫，假面骑士Kabuto就此诞生。
但是，对于不过是一介平民，而且非组织成员的天道，ZECT判定他没有资格成为Kabuto的装备者，并委托接连诞生的新骑士们，抹杀假面骑士Kabuto适能者天道总司。
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假面骑士KABUTO的世界之中，天道凌的身影就出现在一栋在海边的仓库楼顶上面，时间是在黄昏，夕阳将周围的一切都照成金黄色，让人心醉，但谁也不知道这个世界上蕴含着许许多多的危险。
在进入到假面骑士世界后，天道凌顿时释放出自己的精神力，准备查看附近的情况，只是在他的精神力刚刚释放出来，他就发现自己脚下的仓库中即将发生一场战斗。
“A小队，往3点钟方向前进！队形α！”
“没有生命反应。”
“C小队，进入内部。”
“到达地点2。”
“地点2正常，没有找到信号主体。”
“E小队掩护A小队，队形β！”
“确认警卫已死亡。”
在天道凌的精神力扫描下一队穿着统一黑色制服，头戴蚂蚁脑袋般黑色头盔，手持奇怪兵器的人正在仓库之中进行搜查。
看到这些士兵，天道凌的嘴角微微一翘，他已经知道自己进入的时间段了，那就是剧情感刚刚开始的时候。
那些黑衣士兵全部都是ZECT的蚁兵。