军机处的设立，最初只是作为内阁的一个分支机构存在，且由朝臣轮流兼任，并无定员，虽然其绕过内阁，直接由皇帝决议军国大事，引起了朝臣的警惕，但初时只涉及民变及边关兵事，且确实提高了效率，故没有引起朝臣们的足够重视。
但随着崇祯三年皇太极寇关之战结束后，朝臣们这才发现，皇帝已将锦衣卫并入军机处，作为军机处情报机构，使得军机处职权大增，不知不觉完成了君权的加强，内阁的作用，已被无限削弱。
得益于这两年孙承宗稳扎稳打，构建宁锦防线，再加上何邪的先知先觉和火器的大量推广，崇祯三年这场战斗，并没有被皇太极避开宁远、锦州突入关内，辽东诸将拒敌于关外，一场持续三个月的大战，使得野猪皮伤亡惨重，最终一无所获，退回沈阳。
皇太极深以为耻，誓报此仇。
而明军军纪涣散，战斗力差已是积重难返之事，这一战，明军同样损失惨重，伤亡人数甚至和野猪皮不相上下。
但这一战最终还是大明取得了胜利，且获得的好处，是显而易见的。
首先，陕西弹压民变正如火如荼，连年饥荒，朝廷缺银缺粮，即使皇帝一再免除陕西、山东等灾区的赋税，并拨粮赈灾，且甘薯也解决了一小部分燃眉之急，但天灾人祸，依然无法避免。
在这样双线作战的情况下，辽东之战能取得这样的成果，已是殊为不易，极为难得了。
其次，经此一战，野猪皮实力大损，短期内是无力再次发动战争了，孙承宗可以继续推动他的战略，稳扎稳打练兵修路，开辟京东屯田。
而值此全球性的小冰河灾变时期，野猪皮想要生存下去，唯一的路就是往朝鲜打，往蒙古打，去获取生存物资。
大明朝没时间修生养息，也没那个条件，但趁着这段宝贵的和平时期，可以平定内乱，彻底稳定国内局势。
最后，经此一战，军机处的地位彻底被凸现出来，君权得到了进一步的加强和集中，锦衣卫在此一战表现活跃，把情报网络铺到了关外。而且皇帝趁此战提拔了一些人才，进入了军机处，如史可法、刘肇基等人。
崇祯三年一月，帝册封皇子朱慈恒为太子，以戒严免升殿，百官听宣敕于午门，行十二拜礼。
四月，帝不满陕西焦灼战局，增兵陕西，于陕北将贼众合围，一战而彻底平定陕西，张献忠兵败被杀，李自成不知所踪。
陕西平定后，皇帝修建水运，调南方钱粮，定北方天灾。
自此后五年，大明进入漫长的“崇祯新政”改革时期。
帝改革税收制度，重启商税，改东厂为大明税务局，魏忠贤为首任税务总督。
这一举措效果很明显，东厂番子、锦衣卫和地方官员，形成了一个相互监督、相互制约的局面，虽然东厂动则抄家的狠辣手段遭到百官如潮弹劾，但仅仅崇祯四年一年的税收，就足足顶的上过去三年的总和。
于是，无论是内阁还是六部官员都闭嘴了。
改革的过程自不是一帆风顺的，这期间，皇帝也失败过，例如开海禁一事，由于沿海富商和官员的阻挠，不得不被迫放弃；又如东厂收税期间欺压百姓，鱼肉乡里，激起民变，一度使得税收工作停滞，甚至皇帝不得不暂时罢黜魏忠贤，于次年才复启。
好消息是，大明有钱了，商税征收已成定局，且甘陕山东一带的饥荒由于甘薯的大量普及，得到了有效缓解。
另，皇帝练新军五万，以史可法为帅，以徐光启为新军教官，驻守京师。
大明朝就这样磕磕绊绊走过了五年，这五年，各地灾祸依然频发，时不时有饥民暴动，但相比起原历史，已经好了太多太多。
崇祯六年，帝纳周氏姐妹为妃，同年，丁皇后诞下公主，赐号长平。次年，周氏姐妹诞下一子一女。
崇祯九年，魏忠贤病逝，皇帝追封其为忠国公，谥号“忠义”。王崇恩继任大明税务总督职位。
同年，裴纶升任锦衣卫指挥使，南镇抚司改组监察院，监察厂卫法纪，沈炼为第一人检察院都指挥史。
十月，毛文龙率部下耿忠明叛明降清，帝大怒，召满朝文武廷议攻打金人事宜，百官纷纷反对，帝无奈作罢。
十一月，叛将毛文龙自朝鲜海路攻入关内，以尚可喜为内应，攻陷登州，虎视莱州；而皇太极又亲自统领八旗军十万，避开宁远、锦州，分兵三路从龙井关、洪山口、大安口突入关内，攻占遵化，京师告急，大明烽烟再起！
帝震怒，下决心要把皇太极留在关内。
帝以京城为饵，竖壁清野，诱敌深入，令辽东、宣府、及冀州三处呈合围之势，断八旗军后路，又以新军统领京城防护。
莱登方面，帝命孙传庭入山东，又派韩旷、卢剑星前往朝鲜行合纵之事，令卢象升出陕入鲁，和孙传庭兵合一处。