黑魂山的一切都被方舟恢复到原样，包括城市中的怪物，还有魂火制造出来的深渊监视者。
他带着阿雅，桂妮薇娅，赵飞雁三人，使用地遁术，回到百年之后。
这期间，时不时有一些修仙界的人进入黑魂世界，然后被深渊监视者猎杀，被魂火变成不死者。
百年后，凌霄月也出现了，此时她才先天境而已，并没有发现方舟在暗中监视。
凌霄月偷走了火焰圣剑的剑鞘，这是方舟制造出来的山寨版，并没有正版的威能。
不过正版剑鞘只有在阿雅的手中才能发挥出作用，在凌霄月手里只是一件精美的物品而已。
凌霄月在山寨版的阿雅的追杀下逃离了黑魂世界。
过了一段时间，又一个方舟的熟人出现了——夜鼠。
他误入黑魂世界，最终实在一群大光头手中，被魂火变成不死人，专门坑老乡。
如此又过了十几年，刚刚晋升先天没多久的方舟终于出现了。
方舟躲在暗中，看着过去的自己，护火教断裂的圣剑已经被他放置到原先的位置上。
一切如历史的轨迹前进，先天境的方舟一举一动都没有出现偏差。
这个时候就需要赵飞雁出场了。
赵飞雁按照方舟灌输给她的记忆，神魂在方舟的帮助下从肉身中脱离出来，附身在半截黑色断剑中。
先天境的方舟刚刚解决完一群大光头，得到了黑色断剑，就被赵飞雁的神魂拉入神魂之境中，引诱他去法兰要塞寻找另外半截断剑。
方舟和夜鼠穿过冷冽山谷，碰上了山寨版的阿雅。
随后他进入到法兰要塞中，被深渊监视者追杀，不得已使用核平术逃跑，濒临死境。
当方舟进入到地下三层时，就轮到桂妮薇娅登场了。
桂妮薇娅守着希望之火的余烬，并且将余烬的力量送给方舟，借助他的手，将余烬送入到山寨版的阿雅手中。
然后赵飞雁再度登场，将自己御剑术的心得和经验传授给方舟。
得到帮助的方舟杀死了深渊监视者，寻回两截断剑，并且将山寨版的阿雅带走。
这个山寨版会代替正版，一直在过去的历史中循环往复。
一个月后，方舟离开了黑魂世界。
不过他刚刚离开，又一个方舟出现了。
这个方舟是来黑魂世界寻找九阳丹最后一种材料的。
赵飞雁和桂妮薇娅再度登场了。
赵飞雁扮演一个死人，神魂再度从金身中脱离出来，与金丹境的方舟交谈后，任由他带走自己的金身。
桂妮薇娅则是扮演先知的角色，将方舟和阿雅引导到数千年前的历史。
当金丹境的方舟和阿雅使用地遁术离开后，躲在暗中的方舟松了口气。
未来没有改变，意味着他成功骗过了几个观察者，让历史的事实得以重现。
黑魂世界的文明却被方舟拯救下来，被他收入炼仙城的人口接近千万，这足够他们重建文明了。
趁着海市蜃楼还没有消失，方舟和阿雅来到入口处。