孙承宗谢了袁崇焕的救命之恩，问下一步怎么办？袁崇焕沉思半晌，毅然说：“经略大人，刺客是努尔哈赤派来的，已经全军覆没了！属下建议大人，回去后调大军巡视关外，向努尔哈赤示威，让他不敢轻举妄动！”
孙承宗欣然同意，拱手告别，在卫队的护卫下赶回山海关。
回去后立刻下令，派总兵马世龙，保护辽东巡抚喻安性，率大军巡视关外！又派袁崇焕带兵东巡广宁，山海关、觉华岛同时出动水师策应，两路巡视共调动水陆马步军一万二千人，历十三山，经右屯，又由水路抵三岔河，再派都司杨朝文探盖州。
这是一次展示军威的行动，是明军自战败以来，首次大规模出动，对提振士气，震慑后金军，起到了极大的作用！努尔哈赤得知后，派出许多密探，得知明军兵强马壮，纪律严肃，又新添了许多火器，顿时忧心忡忡。
袁崇焕奉命东巡三州、两河，相度形势，察访虚实，训练士卒，增长胆气，实为熊廷弼雪夜巡边后的又一壮举。袁崇焕十分重视觉华岛的作用，特地登岛视察，写了一首《偕诸将游海岛》：战守逶迤不自由，偏因胜地重深愁。荣华我已知庄梦，忠愤人将谓杞忧。边衅久开终是定，室戈方操几时休。片云孤月应肠断，椿树凋零又一秋。
可见袁崇焕的见识，边事的纷争总能平定，但朝廷中的党争不知几时能休！
孙承宗督师以来，为建关宁防线，定军制，建营垒，备火器，治军储，缮甲仗，筑炮台，买马匹，采木石，练骑卒，汰逃将，“层层布置，节节安排，边亭有相望之旌旗，岛屿有相连之舸舰，分合俱备，水陆兼施”。由是，辽东形势，为之一变。袁崇焕起了极大的作用，被朝廷晋升为兵备副使，又被吏部列为预储（后备）巡抚。
除了备战，袁崇焕身先士卒，带领部下屯田五千余顷，收获充作军粮。又督促将吏买牛、、耕具，诸部将轮防边堡，以护屯田。有田种，有军队保卫安全，吸引了本地辽人十几万前来种田；袁崇焕大喜，调派人手挖煤去卖，所得充作军饷，又指挥觉华岛等处用海水煮盐，除了军队食用，多出来的用船运到内地去卖，军饷基本自给自足，为朝廷省下巨额军费！
天启五年，孙承宗与袁崇焕计议，派遣将领占据锦州、松山、杏山、右屯及大、小凌河各城，修缮城郭，派军驻守。自宁远向北，推进二百里，宁远则成为“内地”。宁远至山海关二百里，宁远至锦州又二百里，一共四百里，形成了以宁远为中心的关宁锦防御体系。
后金军活动范围不断地被压缩，努尔哈赤与皇太极无计可施，皇太极全父亲耐心待变，因为明朝党争愈发激烈，不如静观待变。
不幸被皇太极言中，朝廷内部的党争，直接影响到前线！
魏忠贤自窃夺权柄之后，贬斥东林党，控制阁部，提督东厂，广布特务，恣意拷掠，刀锯忠良，祸及封疆，败坏辽事。客氏和魏忠贤狼狈为奸，内结宫闱以图自固，外纳朝臣而施淫威。天启帝则成了他们的傀儡！
魏忠贤老谋深算，联手客氏，残害天启帝身边的妃嫔，凡是有身孕的一概不放过！他二人幽禁并谮杀怀有身孕的天启帝裕妃张氏，设计堕皇后张氏胎，又杀冯嫔、禁成妃，以及谋害宫嫔冯贵人等，将天启帝的妃嫔女侍尽为控制，以擅权柄！
为了对付东林党，魏忠贤安插心腹爪牙顾秉谦和魏广微入内阁，又将东林党的阁臣、六部尚书和卿贰以及科、道次第罢黜！
天启四年六月，正当孙承宗、袁崇焕营筑宁远、日复辽土的时候，副都御史杨涟弹劾魏忠贤的罪疏奏上。魏忠贤利用天启帝沉迷于木匠活不理朝政，假传圣旨，罢免了东林党首辅叶向高、次辅韩爌、吏部尚书赵南星等清官，阉党顾秉谦、魏广微把持朝政，魏忠贤夺取了朝廷内外大权！
魏忠贤专权后，因孙承宗功高权重，德劭资深，声誉满朝野，想使他归附自己，派刘应坤去见孙承宗，申明意图，厚送金银。孙承宗刚直不阿，拒之不纳，魏忠贤见孙承宗不附己，对他怀恨在心。
十一月，魏忠贤尽逐左副都御史杨涟、吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙、左佥都御史左光斗等。孙承宗正西巡蓟、昌，欲抗疏阉党，请以“贺圣寿”入朝，面奏机宜，疏论魏忠贤罪恶。
魏广微得报，奔告魏忠贤：“孙承宗拥兵数万，将清君侧，兵部侍郎李邦华为内应，公将成齑粉矣！”魏忠贤惶惧，到熹宗前，绕御床哭。天启帝为之心动，命内阁拟旨，不许孙承宗离开防地，连下三道圣旨！
孙承宗无功而返，不久发生了部下总兵马世龙的柳河之败。马世龙轻敌贪功，从娘娘宫渡口过河，夜袭后金耀州，败于柳河，战死数百人。
朝中言官交章劾奏，抨劾马世龙，并及孙承宗，参劾章疏，达数十道。圣旨严厉切责，令其戴罪图功。孙承宗气急，连上二疏，进行自辩，并请罢官。
魏忠贤趁机派爪牙、兵部尚书高第代为经略，辽东形势，急剧逆转。
努尔哈赤探知明朝辽东经略换人，便亲率大军，西渡辽河，进攻宁远。
当时明军主力部队撤入山海关内，袁崇焕前有劲敌，后无援军，独守宁远孤城。
袁崇焕顶住新任辽东经略高第的巨大压力，独守孤城宁远，进行保卫血战。
高第到达山海关之后，借柳河兵败为由，下檄山海关总兵马世龙，令弃关外城堡，尽撤关外戍兵。就是弃守关外疆土，退保山海关，不谋进取，只图守关，消极防御！
高第同孙承宗相左，色厉内荏，畏敌如虎，折辱将士，撤防弃地。他命尽撤锦州、右屯、大凌河、宁前诸城守军，将器械、枪炮、弹药、粮料移到关内，放弃关外土地四百里！锦州、右屯、大凌河三城，为辽东明军的前锋要塞，如仓皇撤防，将使已兴工修筑的城堡弃毁，布置戍守的兵卒撤退，安顿垦耕的辽民重迁，收复二百里的疆土丢失！
朝中有识之士纷纷上疏反对，袁崇焕据理力争：兵不可撤，城不可弃，民不可移，田不可荒。他引据金启倧的《呈照》，向辽东经略高第具揭道：“兵法有进无退，锦、右一带，既安设兵将，藏卸粮料，部署厅官，安有不守而撤之？万万无是理。脱一动移，示敌以弱，非但东奴，即西虏亦轻中国。前柳河之失，皆缘若辈贪功，自为送死。乃因此而撤城堡、动居民，锦、右摇动，宁、前震惊，关门失障，非本道之所敢任者矣。”
宁前道袁崇焕决心身卧宁远，保卫孤城，他斩钉截铁地表示：宁前道当与宁、前共存亡！如撤宁、前兵，宁前道必不入，独卧孤城，以当虏耳！
袁崇焕抗命不遵，高第无可奈何，只撤锦州、右屯、大凌河及松山、杏山、塔山守具，尽驱屯兵、屯民入关，抛弃粮谷十余万石。这次不战而退，闹得军心不振，民怨沸腾，背乡离井，死亡塞路，哭声震野。
袁崇焕率领一万余名官兵孤守宁远，以抵御后金军的进犯。
努尔哈赤看准时机，孙承宗罢职，机会来了，毅然举倾国之兵，西渡辽河，扑向宁远。
努尔哈赤亲率诸王大臣，统领六万大军，号称二十万，往攻宁远。十七日，八旗军布满辽西平原，军马前后络绎，首尾莫测，旌旗如潮，剑戟似林。八旗劲旅，雄伟壮观，军容强盛！
明朝震动，兵部尚书王永光，召集廷臣议战守，都无善策！辽东经略高第和总兵杨麒，闻警丧胆，计无所出，龟缩山海关，拥兵不救。八旗军连陷右屯、大凌河、锦州、小凌河、松山、杏山、塔山、连山等八座城堡；原驻守军都早已撤到关内，后金兵如入无人之境，未遇抵抗，直奔宁远。