伽利略的忏悔，是跪在地上做的。忏悔的中心内容，是他曾在著作中认为地球不是宇宙的中心，并且运动着。这位患有严重关节炎的古稀老人下跪时一定十分困难，当终于跪到地上之后，他又一次感知了地球。据他的学生文钦卓·比维亚尼回忆，他读完忏悔词后还叹息般地嘀咕了一句：“然而此刻地球还是在转动！”
一位科学家当然不会在内心彻底放弃自己经过长期研究得出的结论，但他在当时当地是否真的说了这句话，我们还没有看到除比维亚尼一人回忆之外的其他证据。我们能看到的那份忏悔词是老人逐字逐句大声宣读的，当时曾散发到整个基督教世界。
忏悔书中最让人伤心的一段话，是他不仅承认自己有“异端嫌疑”，而且向教廷保证：
……当我听到有谁受异端迷惑有异端嫌疑时，我保证一定向神圣法庭、宗教裁判员或地点最近的主教报告。
这样的话无疑是一种最残酷的人格自戕，因为此间描述的伽利略已经不是一个忏悔者，而是“自愿”要成为一个告密的鹰犬。
西方的宗教裁判所一向以残酷著称于史，动不动就把一批在宗教观念上有“异端嫌疑”的人送上火刑柱，但我觉得比火刑柱更恶劣的是普及了一种人格灾难。
鼓动人们为了一种看不见、摸不着的所谓观念上的疑点，毫无顾忌地告密、揭发、反咬、围攻、卖友。只要做了这样的恶事，不仅能自保，而且还能瓜分受害者的遗产；如果不肯这样做，则迟早灾难临头。这就以对生命最终威胁的方式培植起了人性深处的恶，使之蔓延膨胀，颠覆全社会的人格系统。到了这时候一切胡作非为都能随心所欲了，如果看到某些人还有人格残存，就一涌而来，全力摧残直到那个尚有人格残存的人当众放弃人格。
伽利略当众放弃人格，除了愿意成为告密者的“保证”势必与具体的生理威胁有关外，忏悔却是确实的。伽利略为什么作这个选择？历来各国思想界有过多次痛苦的讨论。
法国思想家伏尔泰有一个令人费解的说法：伽利略“因为自己有理，而不得不请求宽恕”。
德国戏剧家布莱希特在《伽利略传》里把这位科学家的忏悔写成一个人格悖论，即他在科学上是巨人，在人格上却并不伟大；但布莱希特认为也有别的多种可能，例如他的一位学生凭借着他所写的一部著作证明，老师很可能是故意避开人生的直线在走一条曲线，因为没有先前的忏悔就没有后来的著作。
不管伽利略是自恃有理，还是故意走曲线，忏悔的后果总的说来是可怕的。就个人而言，多年囚禁，终身监控，女儿先他九年而死，他后来又双目失明，在彻底的黑暗中熬过了最后五年；就整体而言，诚如英国哲学家罗素所说，这个案件“结束了意大利的科学，科学在意大利历经几个世纪未能复苏”。
事情很大，但我总觉得伽利略的心理崩溃与尼科利尼向他讲了“鸡群围啄”的原理有关。
尼科利尼作为一个外交家虽然勘破尘世却有自己广阔的流转空间，他不知道作为一个科学家的伽利略并没有这种空间，一旦看穿便无法超拔。
既然友情如此虚假，他宁肯面对敌人，用一纸自辱的忏悔来惩罚背叛的“鸡群”和失察的自己。这相当于用污泥涂脸，求得寂寞与安静。他这样做不是为了保存生命来继续研究科学，而是故意让自己作为社会人的一部分彻底死亡。后来他又有了新的科学著作，只是残存生命的一种惯性动作。
正是这样的事件，使我在欧洲期间不管到哪儿都放不过宗教裁判所。看得多了，明白文艺复兴虽然以理想方式提出了“人”的问题，却还远没有建立一个基本的人格环境，因此科学文化的近代化无从起步，即便出了伽利略这样的人也无济于事，这就给后代一批批人文主义大师提出了艰难的课题。他们在人权和法制上所做的数百年努力，都是从宗教裁判所的反面行径中起步。
那时候佛罗伦萨已不再耀眼，它只是守护住了自己那些冤屈的儿子们的遗体遗物，静静地等待历史返还公道。
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