“‘昭和20年9月21日的夜晚，我死了。’
一个衣衫褴褛的少年，气息奄奄地躺在人来人往的车站，正慢慢走向他那14岁短暂生命的终点，这是在战败月余后的日本。
恍惚间，少年仿佛看到了他死去的妹妹节子，看到了那个飞满萤火虫的夏天。
那时候的哥哥和妹妹是幸福的，装满糖果的小铁盒、漫天飞舞的萤火虫、哥哥拉着妹妹的手在夜晚奔跑以及妹妹银铃般的笑声。
直到某天，空袭开始了，妈妈在轰炸中不幸离世。
在突如其来的打击面前，哥哥能做的只是将妈妈死去的消息瞒过年幼的妹妹。
在空旷的广场上，哥哥强笑着卖力地为哭着要找妈妈的妹妹表演单杠，夕阳下两个瘦小的身影显得那么的单薄。
也许，就是在那一刻，哥哥试图将所有的悲伤扛起，决定在纷乱的废墟上为妹妹擎起一片晴空吧。
兄妹俩只能去投靠亲戚，然而，战争让亲情疏远，物质的贫乏更使人们彼此冷漠，越来越多的白眼和碗中越来越少的米饭暗示着他们必须离开了。
哥哥终于决定带着妹妹搬走，去建造一个属于自己的家，但是，在唱着歌快乐离开的时候，他岂能料到因那战争而不可逆转的悲惨命运。
萤火虫再次飞舞，兄妹俩的厄运却不断降临，饥饿和疾病不断的打击着这两个可怜而年幼的孩子，为了让妹妹不再饿肚子，哥哥只好趁飞机轰炸之时冒着生命危险去偷。
每当在人去楼空的屋子里找到一些食物，他都会无比的兴奋。
在漆黑的废弃山洞中，哥哥将萤火虫捉进蚊帐，漫天飞舞的萤火虫在夏季闷热的深夜里明明灭灭。
哥哥将熟睡中的妹妹紧紧抱住，生怕一松手就又会失去。
萤火虫的一生只有一个夜晚，一切都在夏日微醺的风中逝去。
妹妹早已知道妈妈不在了，并以那么小的年纪理解了死亡和坟墓的含义。
一捧捧萤火虫的小尸体，从节子手中滑落，混入泥土，化作尘埃，哥哥仿佛看见了妈妈那同样脆弱的肉体燃成灰烬的样子。
‘为什么人一难受就会死呢？’
这是妹妹流着晶莹的泪水对哥哥唯一的询问。
死亡的噩耗一次又一次地击打着哥哥幼小而坚强的心灵，这时滚过面颊的泪水，也许是为了妈妈，也许是为了萤火虫，也许只是为了生命不堪一击的脆弱。
萤火虫，只能活一个夜晚，在美丽的夜里，它尽情地展示着无穷的魅力，然后在黑暗中悄然坠下。
恶劣的环境使节子严重的营养不良并且起了湿疹，他们没有钱去看病，更没有钱去买药品……年幼的妹妹终究没能逃过饥饿和疾病的双重折磨，在一个凄凉的夜晚虚弱地死去。
节子死的那天也是在一个满天都是萤火虫的夜里，她含着笑，在最美的风景中去找那只有在梦里才能过的幸福生活。
……
车站前的石柱下，少年静静的靠着，迷离中仿佛听到夜晚河堤轻吟的虫鸣和轻潺的流水叮咚……看到了，看到了啊，包着头巾的节子抱着她的糖果盒跳进了这片宁静的黑暗中，萤火虫飘在夜空中，萤绿色的光芒，亮，闪，亮，闪……节子你是不是变成了萤火虫呢？
又见到了那漫天飞舞的萤火虫，忽明忽灭的萤光，好美啊，节子，现在我们终于可以无忧无虑地追逐那漫天飞舞的萤火虫了，没有人可以再来打搅我们呢!
再见萤火虫，再见那漫天飞舞的美丽，少年和他的妹妹在这温馨的萤光中安睡在这萤火虫的墓地中，永远的，幸福的，安睡着……没有母亲面目全非的尸体，没有杳无音讯的父亲的死讯，没有被夷为平地的家园，也没有指桑骂槐的亲戚的白眼……再没有人可以打扰他们，再没有人可以打扰他们的安宁，这用生命才换来的安宁……”