“公元2029年，是一个全世界被庞大信息网络连为一体的时代，是一个人们的生活方式也许并未发生什么重大变革的时代。
人类的各种组织器官均可被人造化，因此，改造一部分身体结构的人有之，只保留大脑而全身机械化的人有之，更有人完全把自己变成了机器人。
几乎所有人类都进行了不同程度的改造，很多人的脖子后面都有着与网络连接的端口，对他们来说，身体只是一个电脑终端而已，是一个容纳人类灵魂的容器。
草薙素子他们发现有一个黑客经常入侵一些公共设施的电脑，于是九课布置陷阱，抓获了这个身为清洁工人的黑客与给其程序的人。
可是审问过程中，他们却发现此人的记忆早已被人所篡改，他们就象一颗被人摆弄的棋子。
素子已经陷入了迷茫的阶段，她思考身为人类究竟该有何定义，人类一生的记忆，与庞大的信息世界，就好比一滴水和大海的程度。
紧接着，麦格公司与政府合作生产的一个完全电脑人逃离公司，在夜间被车撞倒。
九课接受了她的躯体，六课也派人来，开始检查该电脑人的躯体。
躯体内的傀儡师表明自己不是AI，虽然他的代号是‘2501计划’，但是他已有了察觉自我存在的意识。
此时，九课遭到袭击，电脑人躯体被抢走，素子跟踪劫匪，并在一处破旧的废墟找到了被六课藏匿的2501。
2501告诉素子，外交部、六课和麦格公司合作2501计划，而主要的程序编制者就是代田，2501的诞生只是他们的工具而已。
但他产生了自我意识，逃离了他们的控制，他开始思考自己的定位，生命与死亡，这就是一个真正人类的行为。
在他漫长的寻找同伴的过程中，他发现了草稚素子，他认为只有与她结合，他们才能更加完美，虽然结合的结果会导致2501自己的灭亡，可他仍然坚持这样认为。
此刻，六课的攻击直升机已经找到了2501和素子，得到的命令是消灭二人，但是由于突然而来的干扰电波，武器系统一直无法锁定目标。
自己过去的经历，以及2501对自己的影响，素子考虑后同意了他的要求，创造新的生命。
素子和2501的灵魂融为一体，同时，干扰消除，直升机立刻对目标做出了攻击动作，2501和素子都被消灭了，但一个新的素子诞生了，这位少女看着庞大的世界，思考着自己该何去何从……”
“任务世界：攻壳机动队。”
“世界等级：d级。”
“类型：战斗、系统。”
“痛觉削弱度：0%。”
“个人能力强化度：0%。”
“目前场景探索度：0.01%。”
“提示：目前世界为d级世界，无法使用超过d级的能力。”
“提示：目前世界为系统世界，宿主将代替原剧情人物进行任务。”
“世界任务：保护草薙素子顺利‘诞生’。”
“世界任务完成后将返回现实世界进行评价及奖励结算。”
……
“开始行动了，我们去回收地点。”
提示音落下后，林游前面也是传来一道声音，随即林游也是感觉到了所处环境开始移动的情况。
看了一下周围后，林游也是明白自己现在所处的地方了，而他所替代的人物，应该是草薙素子的搭档巴特……嗯，现在叫林游了。
此时的他们应该在前往追踪黑客信号的路上，过不久草薙素子应该也会过来和她们会和了，林游对这个世界了解的不多，不过任务既然是与素子相关，到时候碰上后就跟着吧。
之后，车子也是追踪着信号赶了一夜的路。
“接下来怎么办？”
林游身边的男子问道，看模样记得是叫石川来着。
“等会吧。”
“草薙和陀古萨正在前往下一个假定的入侵区域，你们俩在原地找点什么看看。”
林游，车内也是响起一道声音。
“找什么‘什么’？”
“就是找‘什么’！”