“超梦是在一座孤岛的研究所里，由从化石中重新取得的梦幻（一种极为珍稀并一度被认为已经灭绝的神奇宝贝）的DNA创造出来的。
超梦对于自己无非是一个试验产品的观念感到痛苦并摧毁了实验室。
紧接着它遇到了火箭队的首领坂木，后者提议超梦为其捕获神奇宝贝，而作为交换坂木将帮助超梦控制其力量。
在接下来的数月里，超梦不断被训练，于坂木的道馆中与挑战者对战并于野外控制神奇宝贝们以便于火箭队捕捉。
超梦最终意识到坂木无非是将它当作了工具，随即超梦摧毁了火箭队总部。
在击败坂木后，超梦回到了它被创造出的岛屿并开始密谋对人类实施报复。
同时，小智一行人收到一封由快龙送来的神秘招待券。
招待券里面写着‘你们是最被看好、最有前途的神奇宝贝训练家，我以最强的神奇宝贝训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会’，于是好奇的小智一行向新岛的神奇宝贝城出发。
当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。
港口管理员波佳为了不让神奇宝贝和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同波佳的看法。
海男、空男和小甜三人则是打算搭乘神奇宝贝渡海。
正当小智烦恼无法前往新岛之际，港口出现了一艘小船，船上维京人打扮的船家答应在小智他们渡海。
正当众人在海中央之时，突然一个大浪打来，让操纵小船的船家露出了火箭队的真面目。
小船被大浪打翻，小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人抓住，向新岛游去。
来到新岛，超梦揭露了事实，小智一行人和另外三名训练家超梦被选为‘最强的神奇宝贝训练家’，后者制造了风暴来考验他们的意志。
超梦斥责了他们与各自神奇宝贝的关系，小智和其余训练家在目睹了超梦出于个人目的绑架了乔伊小姐后使用对超梦进行了挑战。
超梦使用对应的克隆神奇宝贝轻易的打败了他们，并开始使用特殊的神奇宝贝球对其进行了收服。
小智追逐着四处躲避的皮卡丘来到了小岛的深处，并发现、摧毁了克隆机器。
爆炸使得所有克隆品被释放，与此同时超梦下令它的神奇宝贝大军击败所有岛上的人类。
小智出于激愤攻击了超梦，后者将其推开并打飞，紧接着之前偶尔出现并为超梦所吸引的梦幻救起了小智。
此时训练家们的神奇宝贝们与其克隆品的野蛮战斗彻底爆发，但小智的皮卡丘拒绝争斗并诉诸于掌击对手。
即使超梦与梦幻厌倦了拉锯战，训练家们仍旧无法容忍这种残酷无情的暴力。
为了速战速决，超梦和梦幻积聚起所有剩余的力量拼死一搏。
但就在他们开火时，小智来到勇敢但绝望地来到场地中央试图阻止战斗。
两者的致命一击同时命中，小智化为石块倒地不起。
在众人束手无策之时皮卡丘使用了电击，多次电击无果，皮卡丘因力竭不得不停下。
意识到小智已逝，皮卡丘同在场的所有神奇宝贝们流下了眼泪。
他们的泪水汇聚在小智身上，神奇的治愈力量复苏了小智。
对于重聚欣喜若狂，皮卡丘拥入了小智怀中。
每个人都皆大欢喜，小智为救其他神奇宝贝们无私的义举使超梦顿悟人与神奇宝贝相处的真谛，认识个体出生的方式不同并不意味着高下之分。
抹除了所有人的恐怖记忆后，它同梦幻、克隆的神奇宝贝们离开了小岛……”
……
“任务世界：神奇宝贝·超梦的逆袭。”
“世界等级：s级。”
“类型：战斗、系统。”