朱明几个人分工合作，展开一场拯救两百万人生命的大战：
首先需要大片的土地安置难民。
为了获取土地，旅顺军陆军出动，向连岛北面、西面、南面的陆地进发，没主的土地，直接圈占来开垦，有主的土地尽量使用银子按市价购买，如有官府出面阻挠的，由朱明亲自出面解决。
事实上，因旅顺军以区区五百人就挡住刘泽清九万大军的疯狂围攻，击毙近百倍于自己的明军，凶名早已传遍天下，那还有谁敢出来阻拦，两淮的官府睁只眼闭只眼，况且旅顺军买卖公平，完全按市价计算，绝不亏欠，很快就非常顺利地将上万平方公里内的千万亩耕地圈入旅顺军的控制之下。
在旅顺军保护下，将难民分布在其中，择合适的地点设立安置点，建立邨寨。
土地有了，更重要的是要将难民组织起来。
朱明和黄文昭带着辽东逃出来的人，深入到难民中，以他们在旅顺口逃难时组织保甲选举的经验，将难民们按十户为一保、十保为一甲、十甲为一邨、十邨为一乡的建制模式编组起来，帮助难民们自行选举出保长、甲长、邨长、乡长，邨级的选出五至七人议事长老，乡级的选出七至九人的议事长老，议事长老对邨长、乡长进行监督，本邨乡的重大事宜需要邨长、乡长与议事长老商议表决。
朱明和黄文昭还组织还成立了法院，承担裁决民间的诉讼事宜，黄文昭既要担任大法官，还要制定民法、刑法，并培养律师、法官等人员，忙得团团转。
难民组织起来了，首先要做的事情是防疫检疫，防止爆发大规模的瘟疫，朱明将这个事情交给专业人士——《瘟疫论》作者吴有性去做。
吴有性对此很是上心，带着一帮学生，隔离病人、救治护理病人、教会难民注意个人卫生等等，忙的不亦乐乎。经过一番努力，两三百万人的难民集中，竟然没爆发大规模的瘟疫。
有了制度和组织作为初步保障，朱明等穿越众组织难民们积极开垦耕地，修缮水利，种植番薯、玉米、马铃薯等高产值的农作物。
工欲善其事必先利其器，兵工厂里，田志平带领工匠工人们暂时不再生产枪炮，改为日夜生产镰刀、犁、耙、锄头、粪叉、鱼叉、鱼钩、鱼钓、水车等农具渔具，为农业生产提供工具保障。