南北朝割据的分裂时期，就在这一时期，倭国的各诸侯之间斗争达到了白热化的阶段，相互攻伐，在这场南北斗争的过程中，南朝的封建势力开始节节战败，不得不撤离倭国本土。
其中有一部分南朝的封建主，当然还有封建主统治下的武士和浪人等也会选择离开，以此来躲避倭国本土对他们的追杀，他们就乘船来到了大明的沿海地区，他们在沿海进行走私，更有甚者烧杀抢掠。
伴随着南朝在倭国的延续，大明沿海的倭寇，不断的为南朝势力输入财富，以此作为对北朝的抵抗。
倭国的南北朝之争，并没有随着南北朝一统而结束。
而是在历史上，缠绕了几百年。
南朝的势力，从来就没有被彻底的消灭过。
有人说，北朝控制了全国大部分地方，所以是实际上的统治者，应该是正统。
但也有人说，后醍醐让渡的神器是假的，因此正统还是在南朝一边。
哪怕是后世几百年后，也有人振振有辞地说:“当今天皇难道不是从后南朝天皇后中抢夺了三件神器的篡夺者的子孙吗?“
一时，在倭国国内引起一场轩然大波。
最后，作为北朝天皇后代的明治天皇作出裁决，认定南朝为正统，北朝各天皇不列入天皇传承系列，但天皇地位及其待遇不变。
因此，足利尊氏被视为乱臣贼子，而楠木正成成为忠于天皇的典范。
而目前的倭国，看似一统，实则在分裂的边缘。
幕府无力镇压各地的大名。
在这个特殊的年代里，守护代、国人以及与之相关的人们皆以实力而成了大名，并且竞相把分国领地纷纷扩大，相继各霸一方，成了战国大名，
从而形成了群雄割据的分裂局面，此后的倭国更是战火不停。
在关东，镰仓公方足利成氏不满关东管领上杉宪忠，进而将其暗杀。
此举引发关东管领和公方的长期对抗，导致幕府派遣骏河守护今川氏前去讨伐而迫使足利成氏移往下总古河，成为初代古河公方。
战后关东出现得到关东管领上杉氏支持的堀越公方足利政知和，得到北关东豪族支持的古河公方。
山内上杉氏重臣长尾景春叛乱，使扇谷上杉氏趁机扩张自己的力量，促使山内上杉氏选择和古河公方和解来对抗扇谷上杉氏。
而扇谷上杉氏为了对抗山内上杉氏，和伊势长氏结盟。
因堀越公方发生内乱而被伊势长氏消灭，伊势长氏的后北条氏因而实力大增。
不久后上杉定正猝死导致扇谷上杉氏转衰，后北条氏转而攻击扇谷上杉氏，并消灭相模三浦氏且占领小田原城，促成两上杉联合对抗后北条氏的新局面。
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