陈阿靖率南洋水师第三编队及西洋商行武装船队攻占椰城雅加达后，开始在椰城加紧修缮加高城墙，在城外建有木栅栏防御墙。椰城外两里之内的大量树木被砍伐，房屋被清除掉，便于战时开阔视野，观察敌情。
自唐朝开始就不断有小规模移民下南洋，郑和下西洋后，移民人数越来越多。椰城一带是华人华侨下南洋前往爪哇岛各地定居经商的登陆补给点，华人华侨移民人数众多，有万余人。
陈阿靖派使者游说椰城一带的华人华侨归顺东番守备府，东番守备府会保护椰城华人华侨生命财产不再遭受当地土著劫掠。勤劳善于经商富有的华人华侨一直饱受爪哇土著迫害，得知来消息后，纷纷主动携家带口赶来椰城归附东番守备府大军。
同样遭到天方教迫害的印度教、佛教部落教徒得知刚击败万丹国军队，攻占雅加达实力雄厚的椰城大军是大明东番守备府所派，东番守备府实行宗教宽容政策。信仰印度教、佛教的部落教徒纷纷选择支持椰城东番军对抗天方教徒。
陈阿靖下令在万余华人华侨中挑选出三千余精壮将士，又从印度教、佛教部落挑选五千余骁勇善战精壮组建武装新兵，应对万丹国大军来攻，椰城守军达到万余人。
雅加达被来自大明东番守备府水师大军攻下的消息传到万丹国都万丹城，顿时举国哗然，万丹国本身就是建立在抵抗葡萄牙人入侵的基础上。
1527年-1528年，万丹国开国缔造者天方教法师法里塔汉以天方教圣战为号召，组织武装力量，领导万丹和巽他卡拉帕(即雅加达)***起义。两次击败葡萄牙人入侵，杀死同葡萄牙人缔造和约的西爪哇印度教派国王，夺取政权，臣服于淡目国。
万丹国在苏丹毛拉纳·穆罕默德主持下召开紧急军事会议，首席大臣孟库布米、天方教长老、森纳帕提（相当于陆军司令）和拉沙马拉（相当于水师提督）等大臣将领参加军事会议。
万丹国紧急军事会议一致决定起倾国之兵夺回雅加达，万丹国苏丹毛拉纳·穆罕默德发布命令调集国中两万大军进攻雅加达，将攻占雅加达的大明东番守备府军队赶走。
椰城一带的华人、印度教、佛教部落纷纷被陈阿靖迁到椰城中帮着修建加固城防，同时将大批粮食运进城中做好长久防御战。
椰城东西两面城墙外都沿着河流修筑有木栅栏防御工事，没有护城河的南门外更是在木栅栏外开挖壕沟引水作为护城河防御，两百余门佛朗机炮从战船上卸下来后一字排开安装到城墙上形成密集防御炮火阵地。
南洋水师第三编队二十六艘战船游弋在城北码头附近海域，防止万丹国水师突袭进攻椰城港口，陈阿靖将整个椰城水陆防御部署完成。
万丹国苏丹毛拉纳·穆罕默德亲率两万大军从国都万丹城出发，随行还有万余天方教长老组织起来的***民兵，浩浩荡荡的三万余万丹国大军直奔向椰城城西杀来。
年仅十八岁身形比较矮小一身黄金锁子甲头戴天方教苏丹帽的苏丹毛拉纳·穆罕默德坐在战象上在身边一众大臣将士簇拥着前来，目光注视着城西河边木栅栏围绕的椰城邻河防御工事，木栅栏后城墙上的异教徒守军将领正忙着指挥防御。
身型矮小，一身戎装，年近半百的首席大臣孟库布米一张长满皱纹的老脸正向苏丹汇报：“苏丹陛下，我们派出的探子已打探清楚城中异教徒守军只有万余人，真正的大明军队只有不到三千人，有八千异教徒加入大明军队对抗我们大军。”
“该死的异教徒”得知雅加达一带的异教徒纷纷加入大明军队对抗自己，毛拉纳·穆罕默德苏丹愤恨不已看向孟库布米下令道：“攻下雅加达后，杀光所有异教徒。”
“是，苏丹陛下。”孟库布米躬身领命转身朝着三万余万丹国大军高呼下令道：“万丹国的勇士听着，腊图·万丹苏丹陛下军令，攻下雅加达后，杀光所有异教徒，腊图·万丹万岁。”
“攻下雅加达，杀光异教徒，腊图·万丹万岁。”三万余万丹国大军高呼着激进的军事口号：“腊图·万丹万岁……”
毛拉纳·穆罕默德苏丹在战象上拔出配刀高呼下令道：“进攻”
“进攻”孟库布米跟着高呼下令
三万余万丹国大军朝着椰城西城外的护城河流发起冲锋进攻，一片刀光剑影晃动，阵前弓箭手快速冲出来，盾牌手在前掩护冲锋，阵中还有大批抬着渡河船只的士兵，不下五十头战象在象兵驱使下紧跟在后发出‘呜呜’嚎叫声。
陈阿靖亲自坐镇城西指挥大军迎战，城下木栅栏后的三千大军纷纷依托着木栅栏后修筑的战壕阵地防御。陈阿靖看着城外万丹国大军有备而来，尤其是阵中庞然大物般的战象更是吓人，陈阿靖镇定自若下令道：“发炮进攻”
西城墙上的南洋水师将领纷纷下令道：“放”
‘轰轰……’西城墙上一字排开的佛朗机炮朝着城外河西岸蜂拥冲杀而来的万丹国大军发炮进攻，炮口冒着浓烟弥漫开来。
呼啸而至的炮弹直奔向万丹国大军阵中袭来，万丹国大军阵中顿时死伤成片，哀鸿遍野，鬼哭狼嚎般的惨呼声不绝于耳：“啊啊……”。
冲锋在前的万丹国大军将士直奔向城外不宽的护城河道冲来，城外依托木栅栏后战壕阵地防御的三千弓箭手、鸟铳手纷纷开枪放箭：“砰砰……、嗖嗖……”
冲锋在前的万丹国大军将士纷纷被射杀栽倒在河道中被冲走，河岸上万丹国军队更是死伤成片，万丹国大军不断朝着河道冲杀过来，不少万丹国将士已经将船只放进河中开始强渡，激战刚一开始，河岸上尸积如山，血流成河。
万丹国弓箭手不断朝着木栅栏后的三千南洋水师将士放箭掩护冲锋强渡的大军，双方箭矢横飞，不断朝着对方袭来，南洋水师将士顿时也死伤不小，中箭的将士被随军医护队临阵消毒包扎，重伤者立即抬进城去。