骆尚志、刘雄率四万大军从湖州府攻入南直隶，一举攻下广德州，北上进攻应天府。陈大虎、刘庆也率四万大军分别攻下池州府、宁国府，陈大虎率两万余大军、民兵在东海海军第二编队第三舰队游击薛长风配合下渡江进攻安庆府。
刘庆率两万余大军及招募的民兵、收编的降军攻入太平府，沿江东下与从应天府北上的骆尚志大军合兵攻下太平府城当涂后再次兵分两路，刘庆率三万大军直奔南京城杀去，骆尚志弃明归汉多少有些愧疚之心，因此不愿领兵攻打南京，同刘雄率四万大军渡江北上进攻庐州府。
王安海率海军编队沿大江西进，接连攻取崇明、海门、通州、江阴、靖江、泰兴等沿江各州县所，直奔镇江府杀来，宋河宋江父子接到汉王陈瀚旨意，忙组织起漕行武装五千余人迅速控制扬州府至淮安府运河一带，接应汉军。
驻守镇江府城外的林宏接到军令后忙率两千余汉军及组建的民兵配合沿江杀来的海军编队迅速控制镇江府城丹徒，王安海随即出兵沿江西进负责统领各路大军攻打南京城。
吴炎正率两千汉军及组建的三千民兵驻守在庐州府霍山县参与明军围剿逃进大别山中的王自简一伙白莲教残余，吴炎接到军令后忙率五千大军南下协助陈大虎攻打安庆府。
陈大虎在薛长风率海军舰队配合下一举攻下安庆府城，随即与南下的吴炎五千大军汇合后横扫安庆府，沿大江北岸东下接连攻下庐州府庐江、无为州，横扫和州，直奔应天府江北江浦县杀来。
骆尚志、刘雄率四万汉军渡江攻下巢县，兵临庐州府城合肥，庐州知府顾汝学、合肥知县邓光祚组织城中军民三千余人抵抗，遭到汉军火炮猛轰城门城墙，汉军一举攻破庐州城南南薰门、德胜门，攻占庐州城，庐州知府顾汝学、知县邓光祚向骆尚志请降。
王自简趁乱杀出大别山大肆劫掠一番，遭到骆尚志率两万步骑兵追杀，于霍山县斩杀王自简，俘获两千余白莲教乱贼，交由军谍司、监察院监官甄别后处置，骆尚志随即率兵攻取淮南各州县，完成军务院制定的初期战略目标。
林勇率一千余汉军驻守苏州府城北平门外虎丘，前两广总督凌云翼纵容族人横行乡里，甚至在江南大运河上私设关卡收税，与漕行一度发生武装冲突，林勇派兵阻止双方扩大冲突后遭到凌云翼记恨，没少给林勇使绊子。
林勇接到军令后率一千余大军及招募组建的五千骁勇善战民兵突袭进攻平门，一举攻入苏州城，三百余漕行武装也积极配合林勇从城南盘门攻入苏州府，迅速攻占苏州府城，林勇亲自带兵抓捕祸乱苏州的税使孙隆。
苏州城内外的百姓、织工、染工、桑农纷纷响应汉军惩奸除恶，迅速包围税署，狂扔乱石击毙孙隆的爪牙黄彦节，助纣为虐的汤莘、丁元复等苏州土豪劣绅的住宅也被包围，林勇派兵逮捕孙隆、汤莘、丁元复等作恶多端爪牙土豪劣绅，查封其家产没收充公，将其中部分钱财退还苏州百姓，汉军获得苏州百姓衷心支持。
林勇控制苏州府城后与从松江府北上杀来的何崇奇大军汇合，出兵攻取昆山、太仓州、嘉定、常熟，抓捕前两广总督凌云翼及其为祸乡里作恶多端的族人，没收家产充公，罪大恶极者被斩首示众，以平民愤。
何崇奇随即率兵北上在漕行武装配合下一举攻下常州府，何崇奇、林勇、林宏、张洋等汉军将领在江南各府县组织民兵、乡勇抓捕作恶多端的达官贵族、土豪劣绅，抄没其家产，分发不少钱财粮食给贫苦百姓，退还其侵占百姓田产，同时严惩贪官污吏。
汉军控制下的江南各省纷纷掀起打倒达官贵族、土豪劣绅、严惩贪官污吏浪潮，劣迹斑斑的江南各省达官贵族土豪劣绅们纷纷遭到清算，家产被充公没收，大肆兼并侵占的田产被退还原主，重审冤假错案。
汉军将士在江南各省查封作恶多端的土豪劣绅家产没收充公征集了巨大钱财及不少粮食，部分用于赈济分发给贫民，大部分都由户司统一清点充公。