北路军总经略麻贵、青海经略林宇率两万余大军在开春后从西宁府出发南下经青南州、黄源州越过昆仑山东南麓大举进攻果洛一带地方土司，凭借着近四十门火炮接连攻破负隅顽抗的几个小土司城堡，一举攻灭朵甘仓溏招讨司。
东路军总经略四川总兵董一奎、四川副总兵吴炎率三万余东路汉军兵分两路进攻川西高原一众大小土司，董一奎率两万汉军从成都府翻越邛崃山脉凭借着三十余门火炮接连征服攻破川西大小土司城堡，吴炎率一万余汉军从雅州出兵攻下打煎炉（康定）直奔理塘城杀来。
麻贵率一万余汉军南下一举攻破白利土司城（甘孜西北），俘获白利土司顿悦杰，接连征服许多村寨，与西进攻下道坞城（道孚）的四川总兵董一奎汇合后出兵攻破德格城，两人兵分两路作战，麻贵率一万余大军沿通天河北上攻取善赞王驻地灵藏一带各城村寨，善赞王开城归顺天汉，被降为法师。
吴炎攻下理塘城后一路向西攻破巴塘城，驻馆觉城一带的护教王忙派人向吴炎请求归顺臣服，得到吴炎准许，吴炎随后率近两万汉军加上收编的土司兵以及征召各地村寨青壮民兵渡过折曲（金沙江），攻破磨儿勘招讨司（芒康），开始向乌斯藏东部一带发起进攻。
南路军总经略刘綎、副将木旺、马千乘、令占等率三万余南路汉军在沿着卓木（亚东，藏语意为漩谷，急流深谷）河谷北上攻占帕里，在卓木河谷沿途建立补给据点，又从臣服于天汉的哲孟雄雷布查人部落征集两千余名青壮男子以及两千余名善于山地战的廓尔喀仆从军为入藏大军运送粮草辎重补给。
三万余汉军将士在卓木帕里休整调节后逐渐适应高原反应症，五千仆从军不断运送粮食辎重赶来。刘綎命马千乘为先锋将领一万大军翻越大南山（喜马拉雅山）分水岭攻打仰思多万户江孜宗山城。
江孜地方首领帕巴贝桑布家族后裔被称为江孜法王家族，江孜法王家族召集近万军民迎战汉军，被木旺、令占率领一万汉军进攻击败，飞天营空投作战更是令江孜地方武装吓得惊慌逃溃，汉军一举攻破江孜宗山城，江孜法王家族迎降，被削夺军权。
刘綎、木旺随后统率两万大军赶来江孜城，乌斯藏地方政权统治者藏巴加波（藏是藏地、后藏、日喀则，加波是国王之意，又称藏巴汗、后藏王）辛厦巴才丹多吉得知汉军从南方江孜法王领地攻入乌斯藏，攻破江孜城，直奔都城三竹节（日喀则）杀来，慌忙调集附近各宗（县）近两万军民赶到都城三竹节迎战。
辛厦巴才丹多吉原为仁蚌巴家族的家臣，明嘉靖四十四年(1565年)，激起属民起义，推翻仁蚌巴阿旺吉扎在仁蚌宗的统治，先后攻占了香、八囊伦珠孜、帕日等宗管辖的地域。
辛厦巴才丹多吉迅速出兵接连攻下乌斯藏各地，一年后其势力范围几乎囊括了整个乌斯藏地区，辛厦巴才丹多吉将都城迁至三竹节，自称藏巴加波，与藏传佛教噶举派（白教）联合，与格鲁派（黄教）为敌。
辛厦巴才丹多吉的大军大多都被派去征服各地小王国，尤其是格鲁派驻地拉萨河一带更是成为辛厦巴才丹多吉大军进攻目标，格鲁派色拉寺、哲蚌寺等组建近万僧兵地方武装联军正与辛厦巴才丹多吉之子彭措南嘉统率的一万余大军在曲水一带作战。
辛厦巴才丹多吉在仓促之间征集近两万军民迎战，刘綎统率的三万余大军不少将士都不太适应急行军，加上还需要背负武器弹药及干粮，行军缓慢，刘綎在江孜雇佣两千余百姓赶着牦牛运送粮食辎重。
木旺统率的五千丽江民兵比较适应海拔三千米以上的年曲（年楚河）河谷一带行军作战，陈瀚正是考虑到乌斯藏特殊的地理气候环境，才抽调木旺率丽江民兵参战，马千乘、刘綎等三万大军将士都是挑选的年轻将士，经受得住缺氧环境下作战。
辛厦巴才丹多吉派出近万军民在三竹节东南的年曲河谷沙鲁城防守，木旺率一万先锋大军率先赶到沙鲁城，随即在沙鲁城外展开部署进攻。
刘綎随后率一万余大军赶来，马千乘率一万将士负责镇守江孜宗山城及派兵运送粮食辎重抵达前线，两千余江孜百姓与从帕里赶来的五千仆从军交接粮食辎重后用牦牛驮着粮食辎重在五千汉军将士护卫下赶往前线。