“事不关己高高挂起”，遵循这一原则的赵继统正隔岸观火的看热闹，谁知却引火上身了。
中情局不甘心背黑锅，也开始利用控制的媒体进行“祸水东引”，民间出现了数种所谓的肯尼迪之死的“内幕”。
首先约翰逊成为了肯尼迪一案中，被怀疑最多的对象。要说理由其实也很简单，那就是根据美国的法律，当总统在任期意外死亡后，副总统可以绕开竞选，直接继任美国总统。也就是说，肯尼迪死亡，约翰逊便是最大的受益者。
约翰逊继任后，废除了肯尼迪颁布的多项法令。其中影响最大的一条，就是废除了肯尼迪让美军从越南撤军的命令。那么，约翰逊为什么要让美国介入越南战争呢？
不少人推测，美国有一部分高层官员，能够在国际军火商中得到巨额分红。而一旦撤军，这份分红肯定也就荡然无存。以约翰逊为首的官员们，为了自身的利益考虑，不得不将肯尼迪刺杀。
除了约翰逊之外，美联储也是杀死肯尼迪的重要嫌犯。因为在1963年，肯尼迪曾签署过一项法令，想将货币发行权力收回到**的手中，彻底摆脱美联储的控制。这件事触及到了太多人利益，美联储最终出手，肯尼迪含冤而死。
FBI也没能幸免，有传言说，肯尼迪总统和在司法部任职的弟弟罗伯特·肯尼迪，曾想削弱FBI的权力，甚至动过罢免胡佛的念头。于是FBI才是幕后真凶。
当然，这些个理由也仅仅是人们的推测。毕竟如果从国际社会的层面来看的话，刚刚被肯尼迪搞垮台的越南吴廷艳集团，以及在古巴**危机中担惊受怕的卡斯特罗，也都有理由出手杀掉肯尼迪···
随后在约翰逊总统的严令之下，各个部门联手将愈演愈烈的谣言势头压下，中情局也终于可以缓过劲来，舔舐一下自己的“伤口”。
他们的损失不小，一个“异种杀手团”、一个绝密基地、以及大批资深情报员和不少的高层管理者。
联邦调查局与中央情报局这两大谍报机构的紧张关系，可以追溯到二战时期埃德加·胡佛领导的FBI和威廉·多诺万麾下的战略情报局(中情局前身)互相瞧不上眼。
二战爆发后，胡佛严防其他竞争机构介入他的情报领域，因此经常与海军情报局和陆军情报局发生纠纷。为加强国内管控，美国总统罗斯福于1940年6月赋予胡佛国内调查的管辖权，从此胡佛的地位便不可动摇，但对外情报工作却给他带来挑战。
珍珠港事件爆发，尽管后世对美国是否事先知道日本的偷袭计划有所争论，但在当时，这场灾难性事件被认为是FBI的重大情报失误，美国媒体甚至写道，“国内的超级侦探、联邦调查局局长埃德加·胡佛成为众矢之的”。
胡佛则称“夏威夷事务的管辖权主要属于海军”。在这种情况下，美国决策者们决定“集中化”情报组织。
1942年6月，战略情报局成立，多诺万任局长。这是美国第一个统一的中央情报机构。大战期间，多诺万与胡佛的矛盾甚多。
1942年10月，当多诺万手下的特工潜入西班牙驻墨西哥使馆偷拍一本海事密码簿时，FBI的人也赶到。警报嘶鸣，红灯忽闪，战略情报局的人只好逃走。多诺万对此大为恼火。