在此之前，明朝构建海陆两大防线对抗后金，关宁防线抵挡后金正面进攻；登莱及辽东海上防线，威胁对手背后。
“登莱之乱”后，明军虽然收复胶东失地，但元气大伤，登州作为辽东前线的后勤基地的作用大大降低。
此后数年，鞑子有“三顺王”效劳，大明辽东诸岛相继失陷，海上防线基本瓦解。
消除后顾之忧的后金，可以集中全力，从正面进攻关宁，这也为崇祯后期松锦大战的结局又埋下了伏笔。
再者，孔有德率领成建制的军队投降，也开启了明末清初的投降潮。此前投降者，大多实力有限，尚未形成风气。而此后数十年间，统领大军而归顺清朝者，比比皆是。
从以上意义来看，“登莱之乱”很大程度上，影响了明末清初的历史走向。
李自成没有多少登州前线的最新消息，要是仍然按原历史线发展。孔有德坚持不了多久了。
实在说，前去围剿的什么天津总兵、通州总兵、蓟门总兵、昌平总兵、东江总兵、登州总兵、义勇总兵等等带的队伍都没啥战斗力。
战局变化就是从关宁军到达之后。
叛军野战失利，龟缩进登州府城，明军一时半会儿也攻不进去。
登州早先是大明的抗倭最前线，加强其军事能力是首要任务。后来鞑子崛起，登州的作用仍然十分大。
首先登州，莱州地区，作为山东向黄海延伸的一部分，为山东一省的海防前哨，山东有作为京师地区的屏障，所以登莱地区对拱卫京师的重要性不言而喻。
第二，登州地区与辽东半岛南部，高丽半岛隔海相望，一旦这两方面出现状况，登州地区可以在军事上起到牵制作用，同时利用海运为在高丽，辽东作战的军队提供后勤保障。
万历年抗倭援朝，向前线运送的物资总数，其中大部由登州发运。还有明军的三分之一，4万人，也有登州发运。
登州府“僻在东陲，三面距海，利擅鱼盐。且北指旅顺，则扼辽左之咽喉，南出成山，则控江、淮之门户，形险未可轻也。”
说明了登莱地区的地理位置举足轻重。
当辽东地区战事再起，于登、莱二府设立一位巡抚，便成为必然。
天启元年，毛文龙率二百人深入敌后，收复了镇江、广鹿岛、海洋等沿海岛屿，成功在后金军的后方开辟第二战场。为配合毛文龙部的行动，明廷下令：“登莱巡抚陶朗先发水兵一万人，由沈有容主之，天津巡抚毕自严调浙江水兵八千为后劲”。同时解军饷十二万由登莱转运。
可是“经抚各镇观望不前，以致失机”。虽然明廷失去了一次收复失地的天赐良机，但是这次不成功的军事行动，却说明了东江各岛，与登莱地区联系之密切。
毛文龙至皮岛开东江镇后，同样归属登莱巡抚节制。当然，与山东半岛的辖区相比，东江各岛在毛文龙死前都具有很强的独立性，登莱巡抚对东江军主要以核实兵饷，和转运军需物资为主。