崇祯二年毛文龙死后，东江划为四协，随后刘兴治发动兵变，杀陈继盛，登莱巡抚孙元化推荐黄龙出镇皮岛，东江各地与登莱巡抚的隶属关系才更加紧密。
还有，崇祯皇帝对袁崇焕真不错，为了给他统一事权，裁撤了登莱巡抚。而且登莱总兵也改为协将（副总兵），又裁撤部分士兵。
袁崇焕又在宁远设立了东江转运司负责对东江军的物资转运。“禁登莱商船入市”另一方面，袁崇焕的措施，导致了东江各岛都陷入了饥荒，于是有了双岛之变，毛文龙被杀，东江镇分为四协，以陈继盛统领。
袁崇焕死后，尤其皮岛兵变，朝廷才重新设立登莱巡抚，以孙元化担任。
孙元化接到任命后，鉴于登莱地区“兵马器械钱粮一物不备，虽备不精，不可以渡旅（顺）”，力主辞职，并要求朝廷给予足够的兵力，并以西洋大炮增援登州。
朝廷同意了孙元化的请求。
并且，毛文龙死后，其部下孔有德、李九成等人也率部渡海来到登州地区。
总之，登州地区可以说是城高池深、兵精粮足、火炮犀利，啥都不缺。而且还有海路可以通外面。
所以，孔有德龟缩之后，明军也只能采取围困之法。
九月份，明军各路俱至登州开始围城。
登州三面环山，北面向海，明军乃构筑一道长达三十里之围墙，其高如城，东西两端俱抵海。
由陈洪范、刘泽清率步兵守西墙，吴襄、靳国臣等率骑兵接应；
刘良佐、邓玘等率步兵守南墙，金国奇、祖大弼等率骑兵接应；
牟文绶等率步兵守东墙，祖宽、张韬等率骑兵接应。
因为这次有李自成这个异端，前面朝廷认为叛军已经是瓮中之鳖，于是提前抽调邓玘的川军去剿短毛。
由此带来的变化李自成还不清楚，比如李九成有没有像原历史线一样突围失败被打死？
而且十几天的后的正月份，监军宦官高起潜会在挂榜山（今蓬莱城南）新筑铳城，并用红夷大炮轰击城内，效果不错。明廷于是决定自京城再赶运更多的大炮。
当时，围城明军筑甬道运兵，甬道和城墙一样高度。昼夜不停地修筑了半个多月，双方展开激烈争夺战，最后甬道攻城失败。
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