杨素把情况一条条写下来回复杨广，结果宫人误把回信送到了杨坚的寝宫，导致杨坚看后极为愤怒，天刚亮，宣华夫人出去更衣，被杨广所逼迫。
宣华夫人拒绝了他才得以脱身，她回到文帝的寝宫，杨坚奇怪她神色不对，问什么原因，宣华夫人流着泪说太子无礼。
杨坚愤怒，捶着床说这个畜生，怎么可以将国家大事交付给他，独孤氏误了我，于是他叫来柳述、元岩说召见我的儿子。
柳述等人要叫杨广来。杨坚却说要召见的是杨勇，柳述、元岩出了杨坚的寝宫，起草敕书，杨素闻知此事，告诉了杨广。
杨广假传杨坚的旨意将柳述、元岩逮捕，关进大理狱，他们迅速调来东宫的裨将兵士来宿卫仁寿宫，宫门禁止出入，并派宇文述、郭衍进入调度指挥。
命令右庶子张衡进入仁寿宫侍侯杨坚。后宫的人员全被赶到别的房间去，随后，杨坚在大宝殿驾崩，庙号高祖，谥号文皇帝，葬于泰陵。
杨坚在政治方面做出的贡献不少，他废除不合时宜的北周六官天、地、春、秋、冬、夏制，恢复了汉魏时期的体制，基本上确立了三省六部制度。
杨坚在中央设立三师、三公、五省，三师、三公只是一种荣誉虚衔。掌握政权的是五省，即内侍省、秘书省、门下省、内史省和尚书省。
内侍省、秘书省在国家政务中不起重要作用，内侍省是宫廷的宦官机构，管理宫中事务。
秘书省掌管书籍历法，事务较少，起作用的是其他三省，内史省、门下省、尚书省都是最高政务机构。
内史省负责决策，门下省负责审议，尚书省负责执行，这就是后来被唐朝继承的三省制。
尚书省下设吏、民、礼、兵、刑、工六部。每部设尚书，总管本部政务，具体办事机构就是这是六部。
吏部，掌管全国官吏的任免、考核、升降和调动；民部，掌管全国的土地、户籍以及赋税、财政收支；礼部，掌管祭祀、礼仪和对外交往。
兵部，掌管全国武官的选拔，和兵籍、军械等；刑部，掌管全国的刑律、断狱；工部，掌管各种工程、工匠、水利、交通等。
开始的时候，六部叫做六曹，即六个办事机构。六部的长官为尚书，六部的设置成为后代封建国家中央政权的固定制度。
三省六部制分工明确，组织严密，大大加强了中央集权。
开皇十年杨坚诏府兵入州县户籍，兵农合一始此，杨坚对于地方机构也进行了改革。
他采纳度支尚书杨尚希提出的存要去闲、并大去小的建议，将原来比较混乱的地方官制从州、郡、县精简为州、县两级，撤消境内五百多郡。
同时裁汰了大量的冗官，将一些郡县合并，大大节省了政府的开支，提高了行政效率，也减轻了人民的负担。
为了更好地行使权力，控制地方，杨坚下令，九品以上的官员一律由中央任免，官吏的任用权一概由吏部掌握，禁止地方官就地录用僚佐。
而且每年都要由吏部进行考核，以决定奖惩、升降。后来，又实行三年任期制。杨坚简化了地方行政机构，废九品宫人法，初创科举制。