海军学院创建于咸丰十三年，首任山长是奕，但他人在北京，照应不来山东的差事，只好让以帮办海军大臣任职的沈葆桢担任着学院总稽查的职衔，负责日常事务。
但这份差事却不是那么好做的。首先说，从十二年年底，朝廷降旨，命各省选拔贤良之才，充盈学堂，跟随英法两国教习学习舰船制造及海上演阵之学。不想应者寥寥，第一期所招募的生员，不过可怜的二十九人，甚至都不及朝廷花钱聘请来的中外教习的人数多！
皇帝很清楚，中国人到目前为止，兀自抱持着科举出身的正途路子不肯放过，愿意到海军学院学习战法，并受西法绳墨的，不外两途，第一是家境难济；第二则是一些真正愿意有睁开眼睛看世界的。偏偏这二者都是很稀缺的，也就难免出现学院招生不足的窘境了。
为此，他把军机处招到御前，专门议了一次，最后想出来一个办法：还是以利益诱惑，只要把人带进来，就不怕他们不能学成报国。具体之法很简单，暂时从曾国藩提请创建的江南水师之中，选择那些年轻一点，读过书、识得字、可堪造就的，以诏旨的形式，强行征召入学，等到学成之后，以厚禄相赐，不愁日后没有随之跟进的。
江南水师分为两部分，第一部分叫江苏水师，创建于顺治初年，归江南水陆提督节制；另外一部分是长江水师，是经由曾国藩请旨之后，在瓜州和狼山两镇设兵营，归两江总督和江南水陆提督节制——从这一点上来说，江南所有的两处水师，有重叠之处。但长江水师成立之后，大约是因为建制、规程未能考虑周详，很快就暴露出极大的问题。第一就是船上管理混乱，船上有船主，专管操船；还有管带，他所管理的是船上的水勇。
管带不管操舟，自然也管不得船上的水手，水手有如雇工，来去随便，而且每到靠岸之际，就上岸嬉戏，有那好喝酒、脾气坏的，尽是做一些非法的勾当，惹下祸事，逃到船上，升帆起锚，扬长而去，这样的案子，自然是一千年也破不了的。数月之下，江南百姓对水师的印象大坏。
第二便是令出多门，船上从属不清。有鉴于此，江南水陆提督李朝斌上了一份奏折，认为应该加以整改，首先就是要剔除船主之职，船上一切大权，尽归管带一人掌理；第二，加强训练，每月初三、十八两次带船出吴淞口，演练操船、放炮。
皇帝立刻诏准，并招军机处共议。曾国藩这时候已经内调，侧身军机处，他是皇帝最宠信的大臣，问到他的头上，曾国藩说道，“臣想，船主、管带事权不一，是江南水师痼疾之一。早已经到了该认真整治之时。但臣想，水师军纪大坏，原因就在于管理荒疏，朝廷只是派饷派粮，却从无问责之由。舰船靠岸，水手、兵士立刻如鸟兽散，在岸上胡作非为，当地司法衙门，管束无能。因此，还要加上一条，取消礼拜，无故不准上岸。让士兵以船为家，有特殊情况，向管带报请，批准之后，方准予放行。”
皇帝楞了一下，“这样的条例，朕记得在咸丰十二年，朕在热河起草北洋海军章程的时候已经逐一列明了嘛？怎么……”转瞬之间，他就明白了，“这么说来，北洋海军章程，只适用于北洋，南地水师，并未遵从了？”
“总是臣奉职无状，请皇上恕罪。”
“算了。这也是朕的疏忽。既然说明是北洋章程，也难怪别人以为，这是只适用于一地、一军的规程了。”皇帝 的语气中有说不出的讥笑之意，“那，就照曾国藩所奏的拟旨吧。另外，在旨意中再加上一句，北洋章程，适用于全国各省水面部队所用。以前还可以装装糊涂，日后，若是再有人以此为口实，不尊法度，朝廷就要认真整肃了。”
曾国藩脸一红，“是。臣都记下了。”
“还有，廷寄官文，让他把水手、兵士选拔送学一事认真的负起责任来，别整天就想着找人家的错处。”
曾国藩离任之后，两江总督的差事交给湖广总督官文来做。这是个庸人，既没有曾国藩的狠辣作风，也没有李鸿章、何桂清等人的才学，而最最讨厌的是，官文不通西学，心中很瞧不起往来两江地面、官场上的洋人雇员，久而久之，中外双方经常发生口角，官文偏听偏向，板子总是打在洋人身上，弄得洋人对这样一个上官又是厌恶，又是憎恨。
官文自己也非常苦恼，两江总督，国之雄藩，位高权重，非皇帝极亲密的近人不点，他能够做到这样的高位，心满意足之外，总想着做出一番政绩来，上报君恩——他没有狂妄到认为能够如曾国藩一般，在总督任上做今年，为皇帝内招重用，只想着终老任上，就不枉此生了。正好，有了一个机会，便是海军学院招生一事。
誊黄贴出，给百姓知道，朝廷有意招募能识得文字，又愿意从身军武的年轻人报名入学，接受各国教习教导，学习海战之法。但贴出数日之久，根本没有人搭理，一则江南之地素称富庶，百姓不缺这几两银子的花用；第二，接受洋人的教导？最后的结果，岂不是像省城内那些跟在洋教士的身后，成天念诵一些任谁也听不懂的鬼话，不敬祖宗，不事稼穑的悖逆之子一样了吗？不去，不去！再一个缘由，便是百姓众口相传的，好男不当兵，好铁不打钉的古训。
最后弄得官文烦了，径直派人，从两江所属的各地水师之中抓人，也不管识不识得字，先把人抓来再说。一时间弄得民怨大起，百姓有惶惶不可终日之苦。皇帝在京中也知道了，却无心劝阻，事情总要迈出第一步，接下去的事情，就比较容易办了。
于是，从江南选中了一百六十五名水上汉子，给绿营兵士押解着，送抵山东。本来，入学先要进行考试，但为了怕有人故意漏考、瞎考，便是连这一关也免了，让这些人径直入学，怕他们听不懂西洋语言，又在课堂上专门配备了翻译，才算强行将此事推行了下去。
水师之中挑选出来的汉子，平日里粗野惯了，在课堂上、放学后也不知道惹出多少祸事，比之正式经考试入学的二十九名生员，让人头疼之极。
不过，这些人有一个极大的好处，是另外二十九人不能比拟的，他们都是常年生活是水上，于这种操舟之法，熟稔无比，一旦静下心来，踏实的接受洋教习的传授知识、理论学习，在课业上的进步，居然是出乎所有人的想象之外的，连教课的外国教习，也频频咂舌不止。
而这些人的学业比之那些生员也要快速得多，用时一年零三个月的时间，就从学院毕业了。朝廷为了表彰，更加为了招揽更多的人主动入学，所有一百六十五人，加以正四品官职，全部派往山东本省、直隶、辽宁旅顺、大连、金州、营口等地，分发到兵舰炮船上，最低等的，也是见习管轮，课业最精、品秩最高的，居然做到见习管带之职。
财帛动人心，眼见一年多以前，还是和自己一样在海上讨生活的袍泽，经过年余的学习，居然翎顶辉煌，起居豪奢，俨然一船之长的荣光，旁人如何能够不动心？从第二期开始，更多江南水师的兵士主动报名，意图入院学习，但这一次，可就没有那么简单了。首先要过考试关，分为两种，一种是文字笔试，一种是海上行舟之法的口试，两关都能够通过的，才能入学。
朝廷这样的做法，引起兵士极大的不满：上一年求到我们的时候，就厚禄高官以为诱惑，如今求学报名的人多了，就如此冷面相对？太过不公平了吧？
皇帝大感好笑，“这也怪到朝廷的头上？不必理他们！谁让他们整天闭着眼睛闯世界的？所请不准。照例按照既有成例，考试之后入学。”
“皇上，臣恐如此一来的话，兵士未能通过考试一关，又要重现乏人可教的窘境了。”
“这是杞人忧天。不论是大清水师还是各省生员，眼见入海军学院亦为进身之道，不知道会有多少人踊跃报名，其中不乏受过多年教育之辈，怎么会通不过两关考试？你以为我大清就没有丝毫人才吗？此事毋庸议。”
于是，许乃钊诺诺而退。廷寄山东，着沈葆桢继续按照既定之法，考试后录取，这一下，使得第二期的生员入学总数，大大落后于第一期，总共只有不到一百三十人，皇帝心中未必没有悔意，但始终不肯承认自己的失误，竟是一副错也要它错到底的负气模样了。
这一次皇帝东巡之行，山东威海是最后一站，海军学院也是必到之处，所以，早在八月底，皇帝从北京起驾之日开始，学院中早已经准备开来，各种迎驾事宜几番商讨，却全部给沈葆桢否决，“皇上的脾气，最不爱看这种摆出来做样子的勾当，还不如认认真真，做好你我各自本分，等皇上到了学院，我等从上到下，一切发自赤诚，反而更能得皇上喜爱器重。”
“但，大人，也不好任何事也不做吧？”